購入額１,０００万円までの非課税特例について
証券会社等の説明では、（購入額１,０００万円までの非課税特例の適用を受けるためには、確定申告を行う必要はありませんが、「特定上場株式等非課税適用選択申告書」を譲渡した年の翌年の１月１日から３月１５日までの間に税務署に提出する必要があります。）とあります。
１,０００万円までの非課税特例で譲渡益を非課税とすることができるということですが
これですと確定申告ではないので、いくら儲けが出ても住民税等も高くならないということでしょうか。
どなたか教えていただけるとありがたいです。
よろしくおねがいします。
補足
ご説明ありがとうございます！ もう一点なんですが、 会社の社長が自社の保証人になり、会社が倒産した際に 会社の不動産に抵当権が行使されるとともに、保証人にも 影響が及び、裁判所から差し押さえを受け、自身の不動産が 競売にかけられた場合ですが、 ・譲渡価額は競売代金になりますか？ ・この場合の保証債務の適用を可とするための 必要書類はどのようなものになるでしょうか？ 何度もすみません。よろしくお願いします。