酵母のrRNAの塩基配列

質問

一般的に、菌株の同定には、18Sや28S rRNAの塩基配列が利用されるようですが、例えば、出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeであることを確認したい場合、比較するべき基準となる菌株の塩基配列はどうやって調べればよいのでしょうか？

回答No.1

CTAB · ベストアンサー

一番一般的な方法だと
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
このサイトで調べます。

ここの「All databeses」を「Nucleotide」にして「Saccharomyces cerevisiae　18S」と入れて検索を行えば検索結果が出ます。Saccharomyces cerevisiaeといっても分離株は色々ありますからその中から適当に選べば配列が参照出来ます。

また配列がわかっているなら、
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
に配列を入力してOthersにチェックを入れてBLASTを押せば、一番近い配列がわかります。その配列と比較してください。