酵母のタンパク質 分泌・非分泌型の見分け方

質問

全ゲノムの情報が公表されている酵母（Saccharomyces Cerevisiae)ですが、あるタンパク質が細胞外に分泌されるか否かはどうやったら判別可能でしょうか？？

タンパクのアミノ酸配列、塩基配列の情報はあるのですがそこから判断できますか？？

回答No.1

Chicago243 · ベストアンサー

PSORT WWW Server
ここで、どこに局在するかのプロバビリティイーを出してくれます。あとはデーターベースによっては記載があると思いますが、、

参考URL：

http://psort.hgc.jp/

補足

ご回答ありがとうございます。
おかげさまでpsortを使えるようになりました。

ただもう一つお聞きしたいのですが、

酵母のタンパクの中で、シグナルペプチドをもつ
タンパクだけを対象にＢＬＡＳＴをする事は
可能でしょうか？

やり方をご存知でしたら教えてくださいませんか。
お願いします。

回答No.3

Chicago243

>酵母のタンパクの中で、シグナルペプチドをもつ
>タンパクだけを対象にＢＬＡＳＴをする事は
>可能でしょうか？

これは、私にはどうしていいかわかりません。バイオインフォーマティックスをやっているひとなら、データーベースからそれだけをセレクトしたデーターベースをあたらに構築してという手順をふむやり方を知っていると思いますが、、、

回答No.2

geneticist12

S. cerevisiaeは、ゲノム全長の配列の解析が終了して、実証済み、予測上の遺伝子あわせて、全ての遺伝子がデータベースに出ていると思いますが。タンパク質の機能や局在に関しても、実証済みのものも予測上のものも、evidenceを添えて出ているようです。

S. cerevisiaeゲノムデータベース
http://www.yeastgenome.org/

そのなかで、機能、生理活性などのannotation、Gene ontology
http://www.yeastgenome.org/help/gotutorial.html
http://db.yeastgenome.org/cgi-bin/geneSummary/table.pl

が役に立つでしょう。

お礼

ご回答ありがとうございます、
サッカロのデータベースの中にも
signal infoという欄があるのを見つけられました。