系統樹作成時

質問

系統樹を作成する時に、16S rRNAの相同性がより高い菌株が相同性のより低い菌株よりも遠い距離になってしまう場合があるのですが、どうしてなのでしょう？
16S rRNA配列がかなり高い値を示しても属の異なる菌株もあると聞いたことがあるのですが、あくまで16S rRNAの配列が目安にしかならないということなんでしょうか？

回答No.1

24blackbirds

なにを用いて（酵素かRNAか、特に、16SrRNAを用いたのか）、どんな手法あるいはソフトウェアで系統樹を作ったのか、また、アライメントは適切に行われたかなどの情報がないとお答えしかねます、と言うのが答でしょうか。

古くからの分類学者には「系統図作成は分類学ではない」とかたくなに言う人もいるとか。

いずれにせよ、進化の時計としてなにを用いるのが的確かはこれからも探求していかないといけない課題なのでしょう。