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蛋白質サイズ
蛋白質の大きさが知りたいです。 アミラーゼ、プロテアーゼ、リパーゼの三つです。 縦*横*高さで表記してあるデータが欲しいです。 結晶構造のデータから出す方法があったら教えてください。
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結晶構造が報告されているのなら、masa1000rxさんのいうように直接測ってみたらいいでしょう。 ちなみに、RasMolのコマンドラインで”set picking distance”と打ち込めば、クリックした原子間の距離が分かります。 ただし、zarastro21さんがおっしゃるように、由来によって分子量が異なりますし、またフォールディング状態にも大きさは依存します。しかも、分子自体も揺らいでいるので（すなわち温度にも依存する）、分かるのはあくまで目安の大きさであることを忘れないで下さい。 実際の活性状態では、さらに形が変化することもあり得ます。
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- masa1000rx
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実測しましょう！！ って、べつにたんぱくそのものを物差しで量るわけじゃないですよ。 まず ProteinDataBank とか PubMed の structure とかから結晶データをとってきて、RasMol とか Cn3D とかのソフトで結晶構造を表示します。で、適当に縦・横・高さと思われる長さを、定規で量ります。 つぎに、例えば Phe のベンゼン環の六角形の一辺の長さを定規で量ります。ところで、ベンゼン環の六角形の一辺の長さは実際には 1.4 A です。ということは、この比較からこの画面での縮尺率がでます。 あとは、はじめに量った長さを縮尺率にあてはめれば、実際の蛋白の縦・横・高さがでます。 さて、実際にやってみました。データは、PDB Id: 1FA2 の "Beta-Amylase From Sweet Potato" です。私の画面では 1.4 A / 3 mm の縮尺でした。縦・横・高さは、100 x 140 x 160 mm だったので、換算すると、 46 x 65 x 74 A となります。 いかがですか？（邪道？？） ちなみに知っているとは思いますが、他の人への参考まで、、 「ProteinDataBank 阪大ミラー」 http://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pdb/ 「PubMed の Structure」 http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Structure 「Cn3D」 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml 「RasMol」 http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index2.htm
補足
有難うございました。 目的とした蛋白質は5nmｘ３くらいでした。 ところでunit cellのサイズから大きさを検討することはできないのでしょうか。あまり結晶関係は詳しくないのでよろしくお願いいたします。
- zarastro21
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酵素のことですよね。 たとえば単にプロテアーゼといってもかなり沢山の種類があって、由来する生物によって分子量が全く違うと思いますが。どのような意図でしょうか？
補足
有難うございます。 欲しいデータは２次元平面に蛋白質が一層にどれくらいつくのかを知りたいです。どれくらい密に着くかは分かりませんが、例えばcm２に何分子の蛋白質が着くのかを知りたいのです。
直接的な回答ではありませんが、以下の成書には記載がないでしょうか(内容ッ未確認！)？ --------------------------------- アミラーゼ／大西正健∥〔ほか〕編…／学会出版センター／１９８６．１ プロテアーゼとそのインヒビター／メジカルビュー社／１９９３．８ プロテアーゼと生命現象／一島英治／丸善／１９８７．７ プロテアーゼ／一島英治／学会出版センター／１９８３．１０ リパーゼ―その基礎と応用／岩井美枝子／幸書房／１９９１．７ ------------------------------------ ２１世紀の天然・生体高分子材料／宮本武明，赤池敏宏，…／シーエムシー／１９９８．６ 生体高分子の高速液体クロマトグラフィー／Ｒ．Ｗ．Ａ．Ｏｌｉｖ…［他］／広川書店／１９９２．１２ 生命科学の基礎／５／日本生物物理学会／学会出版センター／１９８６．４ 生体高分子／井上祥平／化学同人／１９８４．１ 生体組織と生体高分子の回折学的研究／生体・回折班／１９７９．１２ --------------------------------------- データベースでReview等を検索された方が早いかもしれませんが・・・？ ご参考まで。
お礼
大変参考になりました、有難うございます。 私の目的が界面に蛋白質が飽和吸着したときに何分子着くかが知りたかったので、ryumuさんの方法で十分な情報を得ることができました。