年末調整の誤りを直すには？

質問

困っているわけではありませんが、よろしければお教え下さい。

昨年の年末調整で源泉徴収税額が間違っていて、実際より少ない額になっていました。
理由など細かい事情は省きますが、源泉徴収票をもらったのが２月半ば。会社の方では間違いを認めましたが、「今からではこちらでは対処できませんので、申し訳ありませんが確定申告をお願いします」と言われました。（再年調も税務署への申告も済んでいるから、ということでした）

言われたとおり確定申告はしたのですが、その後で知人から「税務署への申告が終わっていても、会社の方で訂正する方法はある」と聞きました。この知人は長年経理を担当していて税金にも詳しく、そうそう間違ったことは言わないと思いますが、知人の言葉だけで会社に抗議するのには抵抗があります。

そこで質問です。

税務署への申告が済んでからでも、確定申告以外に年末調整の間違いを訂正する方法はありますか？（会社の方で、ということです）
あるならば、それはどういった手続きになりますか？
それはベテランしか知らないような裏技のようなものでしょうか、それとも税金の担当なら当然知っておくべきものなのでしょうか？

会社のミスのために自分のプライヴェートな時間を割いて、還って来る金額は990円。なんだか納得できません。
すでに終わったことを抗議してもしかたないとは思いますが、また同じことがないとも限りませんので、正確なところを知っておきたいと考えています。

よろしくお願い致します。

回答No.1

goold-man

（1）「申告納税制度」により「確定申告」を行うことが原則ですが、給与所得者は、一般的に給料等以外に所得のない場合が多いので、会社などの源泉徴収制度を採用し、年末において「年末調整」を行っています。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/aramashi2007/mokuji/02/01.htm

（2）「年末調整」以後修正（誤った場合も含む）するために「確定申告」があります。
（3）但し、事例の場合に、「年末調整の再計算」を受けることもできます(租税特別措置法関係通達41の2の2-1)。
（4）更に確定申告を誤った場合のために、「修正申告」や「更正の請求」があります。

上記（1）（2）により、会社で「年末調整できなかったから確定申告をしてください」と言う事の方が一般的に正当と思います。
（3）は例外的にあるものです。（例えば100人の年末調整を済んだ後でたった一人のために「年末調整の再計算」を行うことは会社にとって事務煩雑です）「再年調も税務署への申告も済んでいるから、申し訳ありませんが」と言うことで納得してあげてください。

参考URL：

http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/shitsugi/shotoku/06/24.htm

お礼

ご説明ありがとうございます。
確かに知人の会社は小規模で、再計算をするとしてもそんなに手間ということもなかったのかも知れませんね。

ですが

>例えば100人の年末調整を済んだ後でたった一人のために「年末調整の再計算」を行うことは会社にとって事務煩雑です

これこそが納得できないポイントなのです。
会社にとって負担になることだから、従業員にその負担を押し付けるわけですか？従業員の負担の方が小さいから？原因は会社の方にあるのに？

それに「再計算」というのはそんな大変なものなのですか？該当箇所を訂正するだけでは済まないのですね？…ずいぶんと不合理なシステムのような気がしますが。

反論ばかりみたいで申し訳ありません。無知な者の言い分だとお聞き流し下さい。
ご回答いただいたことには感謝しております。
お時間を割いていただき、ありがとうございました。