消費税の仕入税額控除について
2年前に市から補助金をもらって、汚染廃電気機器の分析を行いました。
その時の仕訳は次のようになります。
(1)補助金をもらった時
現金1,000,000/雑収入1,000,000
(2)分析業者への支払
費用2,000,000 /現金2,100,000
仮払消費税 100,000
(1)課税対象外取引、(2)は課税仕入れとして処理し、当時課税売上割合の95％ルール
があったので、課税仕入れは全額控除しました。
（個別対応方式は採っていません。原則課税方式を使っていました。）
当時、市からこの件に関して消費税の取扱いをどのように行っているかの照会があり、
上記の内容で答えました。
そして2年経った今、(1)の不課税に対して(2)で仕入税額控除を行っているので、100,000円は
消費税の負担をしたことになっていないので修正申告をしなさいとおう通達が市より届きました。
今までこのような通達を受けたことはなかったのでどう対処すべきかわからないのですが、
個別対応方式で対応した場合は(2)は控除対象外の取引となるのでしょうか？
そして当社のように原則課税方式で控除してしまった場合は通達に従って修正申告しなければ
ならないのでしょうか？
修正申告する場合ですが、100,000円以外にも延滞税や利子等も支払わないとダメなのでしょうか？
修正申告した場合の進行年度の会計処理はどうなるのでしょうか？
消費税を修正申告することにより法人税も修正申告しなければならないのでしょうか？
宜しくお願いします。
補足
ご回答ありがとうございます。 私も課税されるのではと考えていたのですが、 参考ＵＲＬで頂いた、タックスアンサーの別の下記のページを読んでみると、個別対応方式の「非課税売上げにのみ要する課税仕入れ等に係るもの」に該当すると思うのですが、そうすると仕入控除に該当しない事になるのではないでしょうか？もしお分かりでしたらよろしくお願いします。 http://www.taxanser.nta.go.jp/6401.htm