Swiss PDB Viewerについて

質問

Swiss PDB Viewerを使って立体構造を作製したいのですが、目的とするタンパク質のPDBファイルがありません。
似たものはなんとか見つけたので、このPDBファイルを使って目的のタンパク質に変換（似たものの立体構造を表示させてから、アミノ酸を変化させるなど・・・）することはできないのでしょうか？
手探りでSwiss PDB Viewerを使っているのでよくわかりません。わかる方がいらっしゃったらアドバイスお願いします。

回答No.1

takakokoreo · ベストアンサー

できます．

普通はホモロジーモデリングということをやります．
以下，私が学生時代に作ったマニュアルの一部です．
参考になればよいのですが・・・．

1. モデリングしたいタンパクの一次構造データのFASTA formatを入手する
．
FASTA formatは，配列既知のタンパクならSWISS-PROTでダウンロードでき
る．未知のタンパクでも同様のフォーマットでテキストファイルにすれば
利用可能．

2. 立体構造のテンプレートとなるタンパクのPDBファイルを入手する．
上で得た一次構造のアミノ酸配列をSWISS-MODEL Blast ( http://www.exp
asy.org/swissmod/SM_Blast.html )で検索すると，一次構造で相同性を有
し，かつ三次構造が解明されているタンパク質を見つけ出すことが出来る
．

3. 一次構造データを開く．
Swiss PdbViewerを起動し，メニューバーのSwissModelからLoad Raw Sequ
ence to Modelを選択する．用意したFASTA formatのテキストファイルを開
く．すると，一次構造がヘリックス構造として作成される．

4. PDBファイルを開く．
　[File]-[Open PDB File...]と操作して，テンプレートを開く．色が同じ
で見にくいので，[Color]-[Layer]で色を変えることを推奨する．

5. フィッティングする．
　[Fit]-[Fit Raw Sequence]と選択すると一次構造データが立体構造デー
タに重ねあわされる．

6. 保存する．
　[File]-[Save]-[Layer...]で適当な名前をつけて保存する事が出来る．
このときアクティブな状態なのはテキストファイルのみなので，テンプレ
ートのデータは保存されない．

お礼

御礼が遅くなってしまい、申し訳ありません。
全く使い方がわかっていなかったので、大変助かりました。表示される立体構造は、使うプログラムなどによって変わったりするのでしょうか・・・？
文献で見かけたものと比較すると、だいぶ違うような気がしてしまいます。。。
もうちょっと色々試してみます。ありがとうございました！