タンパク質上のアミノ酸同士の距離を求めるには？

質問

タンパク質上のアミノ酸同士の距離を求めるにはどうすればよいのでしょうか？PDBのファイルからアミノ酸の位置を(x,y,z)で表すと聞いたのですが、どうやればよいのか分からないでいます。
教えてください。

回答No.1

water-cooled · ベストアンサー

ATOM 35 CA SER 3 -0.517 14.730 0.086 1.00 0.00

PDBファイルの一行（一つの原子）はこんな感じです。
６－８列目がx,y,z座標ですので、
二つの原子の座標をx1,y1,z1,x2,y2,z2とすれば、
距離の公式
sqrt( (x1-x2)^2 + (y1-y2)^2 + (z1-z2)^2 )
で求まります。

アミノ酸は多数の原子からなりますので、
アミノ酸間の距離の定義の仕方はいろいろだと思いますが、CAできめるとか、最短の原子ペアの距離を選ぶのが普通でしょう。

補足

ありがとうございます。
数字まで出せたのですが、単位で引っかかりました。
このxyz軸の一単位は、オングストロームでよいのでしょうか？

回答No.2

water-cooled

オングストロームということで大丈夫です。