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たんぱく質の立体構造を描くソフト
下記の条件を満たす,たんぱく質の立体構造を描くソフトを探しています. (PDBファイルを用いて作成できれば助かります) (1)C末,N末が表示できる. (2)α1,α2,,,β1,B2,,,が表示できる (3)結合(疎水性相互作用，水素結合，イオン結合，S-S結合) が表示できる (1)(2)(3)すべてを満たすソフトは難しいかもしれません. (1)(2)(3)いずれかを満たすソフトを教えて頂ければ幸いです. よろしくお願いいたします.
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>(1)「基本的に、C末, N末は、アミノ酸残基がわかればマークできます。」と書かれていましたが,たんぱく質の1次構造がわかれば,アミノ酸残基はわかるのでしょうか? タンパク質は、アミノ酸がペプチド結合で１次元に配列してできた長いポリペプチド鎖が、折りたたまってできた高分子です。と言うことは、ペプチド結合に関与しないαアミノ基、αカルボキシル基が２個、両端にあって、アミノ基側をN末、カルボキシル基側をC末と呼びます。 >(3)立体構造から結合のことをわかるために,勉強したいです.ご紹介頂ける書籍,Webサイトはございませんか? （１）の質問から考えると、基礎的なことから手がけた方が良いでしょうね。ブルーバックスや岩波新書の生化学関係の本を読まれてはどうですか？ おすすめは、 http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4062744031/ref=pd_sim_dp_5/249-7148331-1559557 などです。 おすすめのサイトは、 http://133.100.212.50/~bc1/Biochem/biochem4.htm です。 頑張ってください。
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初心者には、 RasMol が良いと思います。 http://www.umass.edu/microbio/rasmol/ （１）基本的に、C末, N末は、アミノ酸残基がわかればマークできます。 （２）”α1,α2,,,β1,B2,,,が表示できる”と言うのが、何の事かわかりませんが、αへリックス、βシート構造は表示できます。 （３）結合は、X線でもNMRでも直接見える訳では無い（Ｓ－Ｓは見えますが．．．）ので、自分で見ながら確かめていく必要がありますが、距離も簡単に求められるので、色々いじくってなれるのが一番かと思います。 他にも、 Swiss－PDBviewer や MolMol があります。 http://tw.expasy.org/spdbv/ http://homepage.mac.com/yabyab/howtomolmol/molmol0.html
補足
ご回答ありがとうございます. たんぱく質の分野に未熟なため,下記の質問をお教え願えないでしょうか? (1)「基本的に、C末, N末は、アミノ酸残基がわかればマークできます。」と書かれていましたが,たんぱく質の1次構造がわかれば,アミノ酸残基はわかるのでしょうか? (3)立体構造から結合のことをわかるために,勉強したいです.ご紹介頂ける書籍,Webサイトはございませんか? 宜しくお願い致します.
お礼
ご回答ありがとうございました. 早速お教え頂いた本,Websiteを利用して勉強したいと思います