タンパク質が自己集合するとき関与するアミノ酸

質問

こんにちは。
タンパク質のことについて質問させてください。

タンパク質のサブユニット同士が結合して複合体を形成する際、
各サブユニットのどのアミノ酸残基が結合に関与するか
どのように調べればよいのでしょうか？

例えばヘモグロビンはαとβの2種類のサブユニットが２つずつ集まって四量体を形成しています。
ウィルスの外殻もサブユニットが集まって多量体を形成しています。
これらのタンパク質のデータをＰＤＢで検索すると、詳細な構造を見ることができます。

しかし、この画像を見て各サブユニットのどのアミノ酸が結合に関係しているのか、と考えると
Ａのアミノ酸とＢのアミノ酸が接近しているから関係してるかな、程度の解釈しかできません。
低分子量なら原子間の距離を測ったりすることもできますが、
高分子量のタンパク質で多量体を形成するものは
１つ１つチェックしていてはきりがありません・・・

私としては
「αサブユニットとβサブユニットが自己集合するとき
Ａアミノ酸とＢアミノ酸が水素結合し、Ｃアミノ酸とＤアミノ酸がイオン結合している」
というようにデータに基づいた解釈ができればいいと思っているのですが。
理想はサブユニット間の水素結合、イオン結合等が視覚的に表示されることです。

Ｊｍｏｌの機能でサブユニット間で結合に関与しているアミノ酸がわかるようなコマンドや機能があれば
教えてください。もちろん他のサービスや方法でも構いません。

よろしくお願いします。

回答No.1

ki073 · ベストアンサー

なかなか難しい質問ですね。
サブユニット間だけの相互作用で片付けられれば良いのですが、疎水性相互作用をどうするかも問題になってきます。

JMOLよりもVMDが便利なように思います。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
水素結合の候補を表示てくれる機能もありますし、アミノ酸の種類によって色分けしてくれますので、イオン的な相互作用の予測はつきます。
実際には分子動力学法などでアミノ酸間の相互作用やサブユニット間の相互作用を計算して判断します。疎水性相互作用まで考慮に入れると大変な作業になります。

お礼

ありがとうございました！
ＶＭＤというソフトは使ったことがないので勉強してみます。
すでに構造が解析されているようなタンパク質は
分子間の相互作用が表示されるものと思っていましたが
計算しなければいけないようですね・・・
これまではＪＭＯＬしか使っていなかったのですが、
ＶＭＤを含めて他のソフトも試してみて
使い分けしてみようと思います。