電気泳動できれいに分離するには

質問

電気泳動で極めて近いバンドを切り出したいと考えていろいろ思考錯誤しているのですが、
何かいい方法はないでしょうか？
濃度調節などはやりました。
電圧は低ければ低いほうが分離がよくなるのでしょうか？

回答No.3

mizu_atsu

ちょっと思ったのですが
その近いバンドも含めて同時に切り出して
両方ともサブクローニングしてはだめですか？
もちろんいらない方だけ切れる制限酵素があって
それで切ってから流している方だけサブクローニングすれば確実ですが
そういう酵素があるかどうかもわかりませんし（1.5kならそういう古酵素はあると思いますがいる方でも端の端で数十bだけ切れていたりするかもしれません。まあ、その場合はいる方もサブクローニングできなくなるのでわかりますが）
両方切れてしまっても大きさが違うように切れれば見分けはつくと思います。

回答No.2

mizu_atsu

使っているゲルの大きさはどのくらいですか？

大きいものを使えば泳動距離を長くできます。
そうすれば近いバンドでも多少離れるはずです。
小さいもの（私が通常使っていたもの）だと縦5cmくらいですよね。
大きなもの（私はたまに使っていたもの）だと20cmくらいのものもあります。
もし小さいものしか試していなければ大きなものも試してみてはいかがでしょうか。

電圧は低めの方がきれいに流れますね。
大きなゲルの場合ですと20Vで8時間くらいだったように思います。（但し最初の1時間だけは50Vで流します。サンプルをゲルに侵入させるために）

お礼

ゲルは十センチ程度です。
確かに泳動距離を長くすれば分離できるかもしれません。
やってみます。
ありがとうございました。

回答No.1

blackdragon

DNAのアガロースゲル電気泳動と仮定してお答えします。

大きさはどの程度ですか？

小さい（2000bp以下）ものなら、TOHOから出ているシーナゲル（下記URL)がいいかもしれません。

あとは、もし片方のバンドのみが必要なら、いらないほうのバンド中のみにサイトのある制限酵素で切ってやってから流すという手もあります。

電圧は、余りにも低いと、拡散の影響が出てきてしまいそうですが、基本的には低めのほうが分離がいいです。

あとは、アガロースの濃度を、目的のバンドの分離に最適な濃度に調整するのも必要でしょう。

更に、もし、エチブロ入りのゲルで泳動しているなら、エチブロ抜きのゲルで泳動して、泳動後に染色する方法に変更したほうが分離が良くなります。

参考URL：

http://www.j-toho-kk.co.jp/product/product/05/5813_05_01.html

お礼

1.5k程度です。
エチブロ抜きでやっているんですが、
どうもうまくいきません。
制限酵素での分離はいいアイデアですね。
調べてみないとわかりませんが、
やってみます。
ありがとうございます。