電気泳動のバンド

質問

電気泳動(プラスミドDNA:pUC19,制限酵素:DraI,使用色素:5×XC)を行ったのですが、その内一つのバンドが削られているように欠け、残った部分の濃度も不均一になっていました。
先生曰く「塩濃度が高いとしばしば此のようなバンドが出る」との事なのですが、制限酵素処理は問題なく出来ており、電気泳動の操作で結果に支障が出るほど塩濃度が高まるとは考えにくいと私は思っています。
ですが現実にそうなっている以上、何かしらの原因があるはずなので、覚えがある方は回答(可能ならばその原理)をよろしくお願いいたします。

回答No.1

Dr_Hyper

その時の泳動パターンを見れば答えは出せるかも知れませんが，
「その内一つのバンドが削られているように欠け、残った部分の濃度も不均一」
と言われても何をどう表現しているのか正直わかりません。

酵素処理は問題無くできている。というのもバンドパターンを見なければほんとかどうか分からない。
この酵素は50mM程度の塩濃度で切断する酵素で，塩濃度が極端に違えば酵素反応が上手くいかない可能性もありますし，pUC19の切断箇所は３箇所で一つは１９bpしか離れておらずagaroseの電気泳動では確認できないでしょう。（泳動条件も細かく書かれていないのでその辺も不明）
また，あなたが反応に使用した水，酵素にコンタミがあってもバンドは掛けてスメアになるしバンドも定量的ではなくなります。
不均一とかかけているというのが，単に見た目程度であれば，
5xXCとサンプルバッファーのことを色素と書いていますが，色素に何を使用しているのかが大事なのでは無くてその中身です。もしSDSが入っているのであれば，室温の低い部屋で泳動を十分サンプルバッファーを温めずに使えば，蛋白の泳動と違いDNAはサンプルをボイルしないのでSDSの結晶が残っている状態でローディングする可能性があります。その場合その結晶が悪さをする事もあり得ます。
もっと簡単に，ゲルの泡，泳動装置の汚れ，wellにあるゲルのカスや埃など超がつくほどの初歩的なミスかも知れません。電気が均一に流れなければバンドパターンは幾らでもへんな形になります。
先生がいう塩濃度もplasmidの精製がまずければ多くの塩を持ち込んできますので（plasmidの精製は必ず一度エタノール沈殿を行うのが普通ですが実習等多量に適当な精製度のものを用意すれば良い場合，どんないい加減な方法で精製したのかも分からないので，その辺も不透明。）その可能性は否定できませんが，もしここに聞いても解決しないと思うなら，先生のその塩はどこからきたものか聞けば良いでしょう。

本気で回答が欲しければ，上記の事を参考に実験結果のイメージ，実験条件やplasmidなどの情報をもう少し確認して聞いたら，ここにも分子生物学ができるひとは何名もいるのでちゃんと答えてくれますよ。