ゲル電気泳動について

質問

制限酵素(XhoIとEcoRI)処理された試料があるのですが、アガロースゲル電気泳動をしたうえで、バンドが何点か出てくるのはわかります。
そこで各バンドを見ることはできるのですが、どことどこを比較したらいいのかがわかりません。
ぜひ教えてください。
電気泳動では分子量を比較するのはわかりますが、バンドの取る位置でかわるので、バンドをどう取るかによると思うので、バンドの取り方を教えてください

回答No.1

MIYD

何の目的で制限酵素処理して、泳動しているのですか？
比較するバンドと採るバンドは目的次第です

補足

実験の概要は以下です。
まず、PCR法でE coli LE392の16srRNA部分をターゲットとして増幅させます。その後、(A)プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)と(B)PCR法で増幅させたE coli LE392の16srRNA部分を制限酵素XhoIで処理します。
その後プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)（制限酵素処理済）とE coli LE392の16srRNA部分（制限酵素処理済）を混合させ、ライゲーション反応を起こさせ、プラスミドベクターとPCR増幅部分を結合させます。その後、この混合液をコンピテントセルに挿入し形質転換させます。
ここまでで組換え体を作っています。
その後、コンピテントセルからプラスミドを抽出します。
最終的に生成された組換えプラスミドDNA溶液を(1)XhoIと(2)EcoRIの制限酵素で処理したものをつくりアガロースゲル電気泳動で泳動後、バンドの位置を確認するというものです。
ここで、バンドの数はXhoIとEcoRIで何本ずつ出るのか？
どれくらいのbpで制限酵素処理され切断されているのかを知りたいので質問しました。