全くの素人ですので残念ながらあなたの質問に回答できる能力はありません。イントロンのsilent siteについては全く知りません。
しかし，あなたの仰有るように，アミノ酸をコードしていないイントロンや偽遺伝子は，欠失や挿入が頻繁に起こっているようです。詳しくは，残念ながらこれらの研究は始まったばかりと思いますので分かっていないのではと思いますが…。
研究対象や手法といったものは，研究の歴史的進み方と密接に関係するのではないかと思います。
あなたの発想は，DNA→mRNA→タンパク質といったセントラルドグマの順番そのものの発想です。しかしながらこの順番で研究できるようになったのは，ほんの最近のことです。
以前の研究手法は，タンパク→アミノ酸解析→RNA→DNAという順番でした。ですから蓄積された研究データーの中に当然アミノ酸をコードしないイントロンや偽遺伝子はありません。今後研究が進むのではないでしょうか。
木村資生の中立説を勉強しているようですね。現在とは違った，そのような研究状況の下で中立説を打ち出したことは大変優れた方と思います。
集団遺伝学は，生物屋さんよりも，むしろ数学屋さんが研究する方がよいのではないかと思う分野です。老婆心ながら…
集団遺伝学のテキストを参考URLとしてあげておきます。
お礼
そう考えればそうですよね(^_^;) つまらない質問をしてしまいました。回答ありがとうございました。
補足
説明不足でしたが、突然変異などを調べるときには中立説に基づいて進化速度がはやく、置換率が突然変異率に等しくなるイントロンなどの機能しない領域で行われますよね？ 欠失や挿入などは置換と比べ生存に不利な変異になり、淘汰される確率は高いですが、イントロンなどではあまり違いがないように感じられます・・・(^_^;) しかし、よく言うsilent siteというのが良くわからなくてイントロンでもsilent siteがあるということはイントロンは非コード領域だがfunctional な部分もあると考えて、イントロンの中にsilent siteがあると考えるのでしょうか？そう考えるとイントロンにおける欠失、挿入の淘汰の可能性は高くなるので研究の対象には加えないこともわかるのですが。