否定的な意味になるか、肯定的な意味になるかは、「文脈」や「歴史的経緯」、次第だと思います。
”work out” で、「仕事・会社の外側にいる」
→仕事を辞める。
という、発想(類推）は、間違っていないと思います。
ただし、言語は、何もかもが論理的で、ひとつの直訳パターンのみで、定まるわけではありませんので、今回は、たまたま外れただけだと思います。
『イメージでわかる単語帳』田中茂範他（2007）から引用すれば、
work は、本来の機能を（うまく）発揮する。
out は、内側から外へ出る。（外に存在する。）
You are out. → 君には、外れてもらおう。
The gas is running out.
→ガスが外へ流れ出ている。
→ガス/ガソリンが、なくなりかけている。
The stars are out.
→星が（人間の世界の）外側に存在する。
→星が出ている。
以上
work out → （本来）内側にあるものを、外へ出す機能を発揮する。
→ 才能や力を発揮する。
質問者さんは、
野球で使われている「アウト」という意味に、「過剰に、引きずられているのでは？」
と思いました。
上から目線で、すみませんでした。
少しでも、参考になれば、幸いです。
蛇足：
私は、英単語のイメージを、より深めたい場合に、Googleの画像検索を使います。
"work out"で、画像検索しますと、
「人間の内側のエネルギーを、外へ発散させる（させている）人々の画像」ばかりヒットします。
中には、若かりし頃のアーノルド・シュワルツッネッガーの画像もありました。
