DGGE法（変性剤濃度勾配電気泳動法）について教えてください。

質問

DGGE法（変性剤濃度勾配電気泳動法）について
教えていただきたいのですが、この電気泳動を行うには、通常のスラブ型の電気泳動装置があれば可能なのでしょうか？
それとも、特殊な装置が必要なのでしょうか？
BIO-RADなどからは、このDGGE法のための
電気泳動装置も売り出されておりますが、できるのならば、既存の装置だけで取り組みたいと考えております。
（カタログによると、150万もするようですし…）
また、ゲルなどは自作できるのでしょうか？

また、実際にこの手法のやり方などを書いたプロトコール本（秀潤社のバイオ実験イラストレイテッドみたいな本）があるようでしたら、お教えください。
もしくはネットで具体的手法を公開しているところが
あれば、知りたいのですが。
よろしくお願いします。

回答No.1

robita · ベストアンサー

citrusjuiceさん、こんにちは。

DGGE法を行ったことはないのでアドバイス程度と思ってください。

＞ゲルなどは自作できるのでしょうか？
とのことですが、密度勾配ゲル作成用にグラジエントゲルメーカーが発売されていますが、これを変性剤濃度勾配ゲル用に流用できないでしょうか？
ゲルメーカー自体は、多分2万円もしないと思います。

＞この電気泳動を行うには、通常のスラブ型の電気泳動装置があれば可能なのでしょうか？
citrusjuiceさんのスラブ型の電気泳動槽は送液またはヒーターにより、ゲルの温度を一定に保てるものでしょうか？
SSCPを行っている大学時代の同期の話では結構温度管理は必要とのこと。DGGE法はどうか分かりませんが、原理からすると50-60度ほどに加熱する必要があるのでは？
そのようなタイプではないのでしたら、恒温水槽とつなげて冷却・加温できるタイプの電気泳動槽があるので購入を検討してみてください。

もし、予算があまりないようでしたら（失礼なものの言い方かもしれませんがお許しください。）、アクリル加工で自作することをお勧めします。私も、簡単な装置でしたら自作することもありますので、

あと、土壌からのDNA抽出を質問されておりましたが、土壌細菌からPCR-DGGEを行われるのでしょうか？国内でも農学系の方々が行っているようですので、ネットで行っている方を探して、メールで聞くなり、見学させてもらうなりしたらどうでしょう。

citrusjuiceさんの質問回答を見る限りでは身分がしっかりした方のようですので受け入れてもらえるのではないでしょうか？

お礼

ありがとうございました。
アレロパシーによる土壌中の微生物相に変化が
生じるかを検定しようかと思いまして。
やはり、温度管理、ゲル作成のための装置といい、
そこそこの機器（予算という見方もありますが。）が
必要なのですね。
いろいろとアドバイスありがとうございました。

回答No.2

mizu_atsu

DGGE法は私のいた研究室でも使ってました（私自身は使ってませんが）。

＞通常のスラブ型の電気泳動装置があれば可能なのでしょうか？

♯1さんが書かれているようにゲル自体はグラジエントゲルメーカーで作成可能です。
しかし、温度管理についても既に書かれていますが必要です。
価格はわかりませんが150万は定価なので実際はもう少し安いと思います。