スプライソソームの核中心部の構造

質問

31 JAN. 2013 NATUREの記事です

(1)because it allowed variation in the way exons were joined together to form mRNA.
なぜならこれはmRNAを形成するために一つにまとめられたエクソンの中で変異を許容するためである。
でいいのでしょうか。

(2)its structure has been difficult to obtain. This was partly because, until recently, its protein domains bore little recognizable similarity to any other protein domains for which the structure was known. Furthermore, the massive size of the protein (280 kilodaltons) hampered its
analysis.
この構造を得るのは難しい。なぜなら最近までこの構造の昨日として知られていることはほかのタンパクドメインの類似性を認識できるように小さな穴が開いているためである。さらにこのタンパクの質料サイズが分析を妨げるものとなっていた。

(3)whichはグループ2イントロンを指しています
which were recently predicted to be present in Prp8 on the basis of the protein’s sequence similarity to other proteins.
これは他のタンパクとたんぱく質塩基配列の類似性においてPrp8中に存在すると最近予測されていた。

(4)The loop surrounds an internal cavity that almost certainly holds the snRNA components in the spliceosome’s catalytic centre.

スプライソソームの触媒能力の中心となるsnRNA構成物のほとんどを正確に保持する内部腔周辺にループが形成されている。
と訳しましたが自信がありません。

(5)In this scenario, the active sites of the RT and RNaseH domains have been lost, and the catalytic domain responsible for cleaving apart the domains of the progenitor Prp8 have been lost or inactivated and/or were originally contained in the C-terminal Jab1/MPN domain. This composition of functional domains is exactly what would be expected of an ancient retroelement.

この理論ではRTとRNアーゼHドメインの活性部位が失われ、そしてPrp8前駆体のドメインを触媒ドメインを別々に分裂させることに関連する触媒ドメインが損失もしくは不活性化され、あるいはC末端Jab1/MPNドメインがもともと含まれているものであると考える。この機能的ドメインの構成物はこれが子孫レトロエレメントと考えられていたそのものである。

(6)This possibility calls for a reconsideration of the mechanisms by which introns are acquired by genomes.

この可能性はゲノムによって捕捉されるイントロンのメカニズムを再考することを呼び起こす。
でいいのでしょうか。

回答No.1

noname#195146 · ベストアンサー

>(1)because it allowed variation in the way exons were joined together to form mRNA.
>なぜならこれはmRNAを形成するために一つにまとめられたエクソンの中で変異を許容するためである。

「なぜなら、これによりエクソンが集まってmRNAを形成する仕方に多様性を与えるからである。」

　なんとなく、進化論か、細菌やウイルスの話っぽいですね。

>(2)its structure has been difficult to obtain. This was partly because, until recently, its protein domains bore little recognizable similarity to any other protein domains for which the structure was known. Furthermore, the massive size of the protein (280 kilodaltons) hampered its analysis.
>この構造を得るのは難しい。なぜなら最近までこの構造の昨日として知られていることはほかのタンパクドメインの類似性を認識できるように小さな穴が開いているためである。さらにこのタンパクの質料サイズが分析を妨げるものとなっていた。

「その構造体を得ることは困難であった。最近までは、他のどんな構造が既知のタンパク質ドメインとの類似性が、そのタンパク質ドメインには、ほとんどないことが理由の一つである。また、その巨大なタンパク質サイズ（280キロダルトン）も、分析を困難にしていた。」

>(3)whichはグループ2イントロンを指しています
>which were recently predicted to be present in Prp8 on the basis of the protein’s sequence similarity to other proteins.
>これは他のタンパクとたんぱく質塩基配列の類似性においてPrp8中に存在すると最近予測されていた。

「これは最近では、他のタンパク質との配列類似性という基盤として、Prp8中に存在すると推測されている。」

>(4)The loop surrounds an internal cavity that almost certainly holds the snRNA components in the spliceosome’s catalytic centre.
>スプライソソームの触媒能力の中心となるsnRNA構成物のほとんどを正確に保持する内部腔周辺にループが形成されている。

「スプライソソームの触媒中心にあるsnRNAをほとんどがっちりと捉えている空洞があり、ループはそれを取り巻いている。」

　スプライシングでイントロンが輪っかになること（ラリアット構造）かなとも思いますが、ちょっと自信がありません。

>(5)In this scenario, the active sites of the RT and RNaseH domains have been lost, and the catalytic domain responsible for cleaving apart the domains of the progenitor Prp8 have been lost or inactivated and/or were originally contained in the C-terminal Jab1/MPN domain. This composition of functional domains is exactly what would be expected of an ancient retroelement.
>この理論ではRTとRNアーゼHドメインの活性部位が失われ、そしてPrp8前駆体のドメインを触媒ドメインを別々に分裂させることに関連する触媒ドメインが損失もしくは不活性化され、あるいはC末端Jab1/MPNドメインがもともと含まれているものであると考える。この機能的ドメインの構成物はこれが子孫レトロエレメントと考えられていたそのものである。

「このシナリオでは、逆転写およびリボヌクレアーゼHドメインの活性化部位が失われ、Prp8前駆体のドメインを分割する役割を持つ触媒ドメインが失われるか不活化する。これらのドメイン（逆転写、リボヌクレアーゼH、触媒）は、元々はC末端のJab1/MPNドメインに含まれていたものである。機能ドメインのこの構造は、まさに古代のレトロエレメントを思わせるものがある。」

>(6)This possibility calls for a reconsideration of the mechanisms by which introns are acquired by genomes.
>この可能性はゲノムによって捕捉されるイントロンのメカニズムを再考することを呼び起こす。

「再考することを呼び起こす」は「再検討の必要性を示唆する」などでもいいかと思います。

お礼

いつも早速のお返事誠にありがとうございます。variationはスプライシングの機構から種の多様性を示すところが文頭で説明されているのですね。だから変異ではなくてダイバーシティー的ないみだと補足の文章からわかりました。
280キロダルトンとはでかすぎるサイズだというのもお示しいただいた文章で恥ずかしながら初めて知りました。

再考というよりももう一度調査するべきだ的な感じが実験に重きを置くことの言い回しなのですね。

今後ともご教授よろしくお願い申し上げます。