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検索のための膜タンパク構造予測
- 相同体モデル化手法はたんぱく質折り畳みの課題における手の届かない解決方法のための実践的な代替である。
- ４つのたんぱく質のうち3つを解析するために相同体構造予測はどうすればいいのか？
- 相関する変異が接触の予測となるべきというこの単純なアイデアはSanderらの実験を含む多くの事前研究において用いられた。
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>(1)This homology modeling approach is practical surrogate for the out-of-reach solution of the folding problem. 「このホモロジーモデリング（立体構造予測）による研究手法は、タンパク質折り畳み構造問題についての（従来の）解析不能な手法に代わる、実用的な手段となる。」 >surrogateの的確な訳はどうすればいいのでしょうか。 代替手段ということですね。名詞としては可算名詞なので、冠詞等が気になるなら、形容詞と考えておけばいいかと思います。 >(2))What makes homology structure predictions so powerful that they succeed for three out of four proteins? 「4種類のタンパク質のうち、3種類の発見に成功したように、ホモロジー構造予測がこれほど強力なのは、いかなる理由なのだろうか？」 ここは、so [形容詞] that節の構文ですね。that節になるほどに、powerfulということがある。 それが、make A B（AをBにする）なので、homology structure predictionsが、so powerfulであるわけです。 その、動詞makeの主語が謎なわけですね。それで、主語に位置にWhatを置いて、それを問う疑問文になっています。 >(3)This simple idea ―that correlated mutation should be predictive of contacts― has been applied in many previous studies, including those by Sander and colleagues. 「相関関係のある突然変異を観察したいとき、その振る舞いは予測可能なはずだ。その単純な着想は、Sanderらの研究を含めて、今までの多くの研究で実現が試みられてきた。」 ちょっと意訳です。contactは訳さなくてもいいような気がしましたが、ここまででお示しの文章からすると、理論的予測を実験で確かめて来たようです。 そこで、contactの「目で見ること」から「観察」という訳を試みて見ました。今までも、理論予測を実験・観察で確かめて来たのでは、という推測です。 >(4)The main premise is to analyze all of the cuplings together instead of individually. 「主たる前提として、全てのカップリングを、個別にではなく同時に分析することがある。」 cuplingはcouplingの異表記かと思います。複数の意味がありますので、共役としてよいかどうか、分かりませんでした。 premiseは、前提としたほうが分かりやすいような感じがします。to以降が実現される必要があると述べているようですので。 >is to の訳がいつもぎくしゃくしてしまいます。どういう風に訳すのが一番ベターなのでしょうか。 単にto不定詞が名詞なだけのこともあれば、予定とか予想とか義務とか、いろいろニュアンスがある場合もあります。ケースバイケースと言うしかありません。 >(5)Though not correlation signify structural proximity of positions, apparently most of them do, which accounts for a good success rate in predictions. 「位置についての構造的な接近性は、相関関係を全く示さないはずだが、ほとんどのものには、それが明らかに見られ、そのことにより、予測手法についての成功率の高さを説明できる。」 難しい文です。Though not ～ positionsの部分は倒置ではないかと思います。動詞signifyが三単現でないのは、倒置して後ろに来た主語のpositionsでうっかりしたのかな、と思います。 もしくは、倒置しないでdoesn'tと書いて、倒置に書き直して三単現をうっかりしたのか。 どうも、この筆者さん、冠詞でもちょっと単数・複数で勘違いしやすそうですし。もしかすると、structural proximity of positionsのofは、同格を意識しているのかもしれませんが。 なぜ倒置かということですが、not correlationで全否定を強調して表したいからと推測しました。倒置しないと部分否定と受け取られる可能性を嫌ったのでしょう。 apparently most of them do,は、Though notと論理的には矛盾しています。positionsがthemで表されているとは思われますが。関係代名詞whichはmost of themに掛かると思います。そっちが予測手法の正しさを示す事実で、Though notを否定しているようではあるんですが。どうも、この一文からだけでは、推測ができないようです。ちょっとギブアップです。orz >(6)Such predictions define a general spatial trace of the protein chain but have better details and accuracy around functional sites, which is very important for experimentalist. 「このような予測の成功例は、タンパク鎖の一般的な空間的追跡方法を定義し、少なくとも、機能的部位周辺で、より詳細で正確な予測手法を提供する。それは、実験科学者にとって、重要なことである。」 ここも難しいです。逆接を伴わないbutだとして、助動詞的、語順的な不自然さを無視して、「少なくとも」を選んでみました。口語の米国用法の「まさに」かもしれませんし、書き手が意外と思っているニュアンスかもしれません。 糖タンパク質について言及されてましたから、protein chainは、糖タンパク質の糖鎖かもしれません。 >(7)An alternative but seemingly more risky approach to record and test truly blind predictions is through their publication. Hopf and colleagues now set precedence in a largely experimental journal by providing this opportunity. 「代替可能ではあるが、全く盲検法的な予測について記録しテストするにおいては、相対的にはリスクのより高い、ある一つの手法が、彼らの出版物で述べられている。現状で、Hopfらは、その手法の可能性について学会誌で発表することによって、（研究の）優先順位を決定した。」 >precedenceはどういうふうに訳すのがいいのでしょうか。 前後から推測するべきAn alternative次第なんですが、but以降で充分説明があるのに、冠詞がtheではないので、oneと受け取りました。他の手法を一つ、ということで、(1)で述べられている手法とは別のものという解釈です。(1)で述べている手法が従来のものの代替であるわけですが、それについて、さらに代替可能な対抗馬かな、と。 >(8)Treat them as low-resolution experimental structures. 「それらについては、分解能の低い実験によって得られた構造体として扱って頂きたい。」 なんだか、突然に命令形ですね。注意書きでしょうか。これだけでは意味がはっきりしません。structureの訳語も、ほぼあてずっぽうですorz。いろいろ考えられるうちから、サイコロ転がして選んだ感じです。すみません。 >(9)I predict that most models will be correct, but which ones? 「私は、モデル（数学的予測手法）の多くは、正しさが証明されると予想するが、それはどれだろうか？」 be correctであって、be correctedではないので、他動詞の「補正する」ではなく、形容詞の「正しい」でしょうね。 most modelsが正しいとしても、間違っているものもあるはず。そこはまだ分からないということでしょう。 どうも、この著者さんの文章は、私では読み解きにくいです。修行が足りません。すみません。
お礼
なにをおっしゃいますか! いつも信じられない程早いレスポンスで親切に丁寧にご教授下さり本当にありがとうございます。 先ほど調べてみましたがそもそもホモロジーモデリングという立体構造の解析方法として確立されているものなのですね。 surrogateが前のpracticalに続いて実用的な手段という訳ですっきりしました。 so [形容詞] that節でもわかりやすい解説本当にありがとうございます。 makesがなんなのかがわからない→Whatがつくことでいかなる理由という文を読み解く手法しっくりきました。 contactはたんぱく質それぞれの立体構造部位における接続的なものだと勝手に解釈をしていました。 なるほど、なんども本著でも言っているようにもともと目に見えるデータからの予測ではなくて目で見えない(対象の要素がない)データからの立体構造の予測ができるかもしれないというお話との対比でcontactが使われているのですね。 signifｙは三単現ではなかったことで倒置とは見過ごしていました。ご指摘ありがとうございます。 ものすごい文法的なニュアンスが問われるものだったのでいつものように勢いだけでしか訳を試みない僕にはパズルとしか言いようがありませんでした。 素敵な日本語訳ありがとうございます。 書き手が意外という意味で逆にbutを使うというまさに英語らしい使い方としてのbutもあるのですね。but betterはすくなくとも。つまりはよくはないがということからの派生なのですね。それにしても難しい。。。 何度もどれもが的確なものではなく問題が残っている手法というのが出てくる中でではどれが的確なのか？と自分でも謎を深める文章でしたがここで 優先順位を定めた という言葉でそれを評価しているということがお陰様でわかりました。 Treatの文章はおっしゃるとりで突然命令形が続きました。 箇条書き的な意味合いで取ればよいのですね!! 最後の文章の説明もおかげさまで納得です。いつも本当にありがとうございます。