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ウイルス
ど素人です。 ウイルスの塩基配列についてです。 全く同じ塩基配列をもつウイルスはないと考えてよいのでしょうか？ 例えば、C型肝炎ウイルスの患者さんがいるとします。その人の体内のウイルスをそれぞれ調べたとしたら塩基配列は似ていても完全に一致することはないと考えてよいのでしょうか？ 人間の遺伝子がそれぞれ異なるように、個々のウイルスの遺伝子も微妙に違うのでしょうか？
- mika_kobe123
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B型肝炎ウイルスの場合でも、同様の結果になるかと思います。 B型肝炎ウイルスはDNAのゲノムを持ちますが、複製の過程でRNAを介している特殊な例になります。 エラーの頻度はRNAウィルスに近いかそれ以下と考えていいでしょう。 仮に100万塩基に１つのエラー程度として、そのエラーが配列確認を行うある領域(通常一度に解析できるのは数百塩基)の中で見られる確率はもっと低くなります。 個々のウィルス配列を読むこともできますが、通常の検査では「ウィルス集団」の配列をPCRという手法で増幅し、それをひとまとめに配列解析しますので、その中に変異を持ったものがわずかに入っていても「ウィルス集団」の配列にかき消されてメジャーな配列しか見えてきません（通常、メジャーな配列同士を比較すれば事足りますし、その方が手間がかからないので）。 注意すべき点としては、時間を追うごとに（複製を重ねる度に）変異は蓄積されていきますので、 あまりに比較対象と時間が離れていると配列確認を行うある領域にも変異が入る確率が上がり、 結果として「ある感染者から感染したウィルスだ」と断定しづらくなる可能性があります。
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先ほどの回答No.2で間違えていたので訂正します。 100個に１個の変異と書いてしまいましたが、10の３乗の差ですから1000個に１個ですね（汗 RNAウィルスについてはご理解の通りで良いと思います。 そのように書いたつもりですが、うまく伝わらずすみませんでした^-^;
お礼
専門性の高い御回答本当にありがとうございます。先程、論文を読んでて気になったのですが、内容はHCVの性行為感染で、genotype1bのある領域の塩基長が99.7％で一致したため同一株と証明され性行為による急性肝炎であったというものなのですが、もしこれがB型肝炎ウイルスであればどうなるのでしょうか？男性と女性のウイルスを解析すると理論上限りなく100％で一致するのでしょうか？ DNAのエラーを考えるとそうなりますよね？それとも、検査となると話しは変わるのでしょうか？ かなり、飛躍したことをお聞きして申し訳ありません。非常に御見識が高い方と思いいろいろとお聞きしております。 何卒、御回答よろしくお願い申し上げます。
お礼拝見しました。 >エラーが少ないDNAウイルスは 10個あれば9個までが すべての塩基配列が同じで一つだけ異なるもの あると考えるのか こちらの考えでいいと思います。 生体内でのDNAのエラー頻度は10の-9乗前後、DNAウィルスの遺伝子サイズが10の6乗前後ですので、 DNAウィルスが100個複製されれば、そのうち１個に１塩基の間違いが起こる、という単純計算で求めた大ざっぱな数字です。 少なくともDNAを遺伝子（正しくはゲノム）にもつウィルスでは、個々のウィルスがどこかしら塩基配列が異なる、ということはないです。
お礼
ありがとうございます。 具体的にはB型肝炎ウイルスを考えると体内のウイルスを10個とれば9個同じのような考え方 ですね。 しつこいようですがRNAウイルスのC型肝炎 ウイルスは 個々のウイルスの塩基配列が少し ずつ異なっていると考えていいですか？体内の ウイルスを10個サンプルすれば個々に少しずつ 塩基配列の違いがあるという考えに近いでしょうか？ど素人です。申し訳ありません。 御回答よろしくお願い申し上げます。
>全く同じ塩基配列をもつウイルスはないと考えてよいのでしょうか？ 半分正解ですね^-^ 例として挙げているC型肝炎ウイルスの場合、RNAを遺伝子としてもっています。 RNAの合成はエラーが多く、計算上では個々の複製のたびにランダムにエラーが入ります。 DNAを遺伝子としてもっているウィルスの場合、エラーを訂正しながら合成されるので エラーの頻度はグッと減り、ほとんどの複製で完全なコピーを作れます。 それでも100コピーも作ればその中にエラーをもっているもの（＝微妙に違うもの）が出てくる、といった感じです。
お礼
ありがとうございます。しつこいようですが、質問です。 複製時のエラーの考え方ですが、 例えば、エラーが少ないDNAウイルスは 10個あれば9個までが すべての塩基配列が同じで一つだけ異なるもの あると考えるのか、それぞれのウイルスの塩基 配列の差が小さいと考えるのか、どうなんで しょうか？
お礼
ありがとうございます。