塩基配列の地理的変異を調べるときの地点当たり試料数

質問

を１にする場合、
統計あるいは実験誤差またはその他の点から
国際誌に受理されるか否かの水準で
問題の有無を御解説ください。

配列はrbcLとITS1についてです。
材料は海藻のアオノリとテングサですが、
前者は抽出を妨害する粘質多糖(寒天)とpolyphenolsを他量に含みます。

回答No.1

井口 豊（@Iguchi_Y） · ベストアンサー

＞試料数を１にする場合

とのことですが，やはり少なすぎる気がします。

最大の問題は，1個では，地理的変異を示すのか，実験誤差あるいはミスなのか，あるいは多型なのか，そもそも評価できない，ということでしょう。

私自身は分子生物学の専門家ではありませんが，ホタルの発光周期の地理的変異を調べています。
その際，DNAデータとつき合わせて，調べています。

DNAを調べるための標本は5～10個程度を基準にしています。

標本を採集する距離間隔にもよりますが，少なくとも，1地点当たり複数個必要だと思います。

お礼

ご教示に感謝します。
多型との区別ができぬとのことですが、
地理変異と(単なる？)多型との違いは何ですか。

他方、実験受託会社は抽出から配列決定までを＜500bpで
５万円で請け負っております。１地点当たり１試料だと
意外に安いなと思いましたが、
５試料を使うと10地点では250万円ですね～。

これではroutine実験だから委託するというわけには行きませんね。
院生を実験労働にこき使うので奴隷扱いされているということで
研究関係の掲示板では「ピペド」とよばれる理由がわかりました。

そこで下世話な質問ですが、受託会社に尋ねたら
上記full courseで委託して来る研究室の数（non回数）は
年に２－３とのことですが、医学部ですかね。

回答No.3

井口 豊（@Iguchi_Y）

＞必要最小限の費用で１報書くことをもくろんで居るからです。
＞研究の態度としては逆で、邪道では有りますが。

全然そう思いませんよ。

別の回答にも書いたのですが，理系の研究におけるコストの問題は，どこでも苦労してます。
http://okwave.jp/qa/q6733868.html

草桶先生らと共著は，全国ホタル研究会誌に昨年発表したものです。

日和佳政・大畑優紀子・草桶秀夫・井口豊・三石暉弥(2010)
遺伝子解析による移植されたゲンジボタルの移植元判別法. 全国ホタル研究会誌 40: 27-32．

日和さんと大畑さんは，福井工大の草桶研究室の院生。三石先生は，長野ホタルの会の会長（私の高校時代の恩師でもある）。長野県のゲンジボタルを私と三石先生で集め，それと関西・北陸のホタルのサンプルと合わせて福井工大で分析し，移入集団が，どこに由来するものか調べたものです。

長野県辰野町は，ホタルの名所として宣伝してきましたが，実は，関西から移入したものを観光客に見せていたことが，歴史的にも生物学的も裏付けられました。

今年の全国ホタル研究会でも，草桶先生と話したのですが，今，研究者にできることは，在来ホタルの地理的データ（DNAや生態データ）を残すことだ，という思いで一致しました。

なおホタルのDNA研究に関しては，八戸北高校も，草桶先生の応援を受けて調べていて，昨年の名古屋でのCOP10の関連イベントでも発表したのです。
http://www.daily-tohoku.co.jp/news/2010/10/25/new1010251601.htm

最先端の科学に興味や関心をもった高校生を無償で援助できる体制作りが重要だと思っています。

お礼

長々とお付き合いくださったことに感謝します。

回答No.2

井口 豊（@Iguchi_Y）

質問文からは分かりませんでしたが，お礼を見ると，試料分析を委託されてるということでしょうか？それだとコストの問題があり，困りますね。

私の場合は，福井工大の草桶先生がホタルDNAの研究をしている関係で，無料で分析してもらった結果（未公表含め）使わせてもらってます。

ただ，質問のような，国際誌に受理されるか否か，という点では，コスト高は弁解にならないかも。

＞地理変異と(単なる？)多型との違いは何ですか。

説明不足ですみません。
私は，海藻のアオノリとテングサの変異に関しては，全く分かりません。

ですから，昆虫を前提にした話と聞いてください。

昆虫では，場所が近くても，高度が違うと，同一種でも違う形態のものが存在します。
例えば，ヒメボタルがそうです。

これは，地理的変異とも言えそうですが，なぜか，ヒメボタルでは，そうは呼ばれていません。
まだ生態的にも遺伝的にも解明が進んでないせいかもしれませんが・・・

あるいは，同一地域でも，季節のよって異なるタイプ（季節多型）もあります。

多型ではありませんが，ホタルの場合は，人為的に他地域から移入されたものもあって，今や大きな問題となっています。

在来・移入が混ざった集団が各地で見つかっていますが，それも多数のサンプル調査によって判明したものです。
海藻でも，もしかすると，こんな人為的移動があるかもしれませんが・・・

要するに，1サンプルで，その地域を代表するサンプルだと，どうやって認定するかということです。
これは，たぶん，分子レベルでも形態レベルも起きる疑問です。

サンプル数の問題は，私もこれまで，いくつかの論文でレビュアにつつかれました。
中には，200～300必要だなんて言う人さえいたくらいです。

たぶん，分子生物学的研究では，１地点で200～300必要なんてないでしょう。
しかし，私自身の経験も含め，昆虫に関する限り，１地点1サンプルで地理的変異を論じたら，少ない！と言われると思います。

お礼

詳しい解説を下さったことに深謝します。

＞福井工大の草桶先生がホタルDNAの研究をしている関係で，
＞無料で分析してもらった結果（未公表含め）使わせてもらってます。

そういうやりかたもあるのかとの貴重な知識を得ました。
最後に、その方との共著で論文をお出しになったかを教えてください。

sample　sizeを伺った理由は、私が高齢でして
実験技術に習熟する時間も実験室も有りませんので
１sampleだと5万円で安く見えるので
すべて委託で配列を得るやりかたで
必要最小限の費用で１報書くことをもくろんで居るからです。
研究の態度としては逆で、邪道では有りますが。