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※ ChatGPTを利用し、要約された質問です（原文：PCRのことについて質問なのですが、現在私が行っている細胞から、DNA）
PCRでのDNA抽出とPCR産物の長さについての質問
このQ&Aのポイント
- PCRでDNA抽出とPCR産物の長さについての質問です。
- PCRを行っているがPCR産物の長さが異常に短く、望む長さのPCR産物が検出できません。
- Yahoo知恵袋で同様の質問をしても同じ結果が得られました。原因や改善策を教えてください。
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質問者が選んだベストアンサー
非特異的バンドが出ても構わないＰＣＲなのか（ゲル切り出し精製可） シングルバンドでないと後の実験結果に影響を及ぼすのか なども考慮する必要があるでしょう。 25サイクルの根拠もよくわかりませんし、 とにかく増えればいいＰＣＲで、どうしてもそのプライマー領域でなければだめならば、目的配列より外側でプライマーを設計してnested PCRを行う方法もあります。
その他の回答 (3)
- nayu-nayu
- ベストアンサー率25% (967/3805)
回答No.4
４０サイクル回してみて目的のバンドが出てきたら、そのバンドのみを切り出して 制限酵素処理に回す方法ではだめなのですか？
- negigi
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回答No.2
50bpをどう判断したかわかりませんが、そのあたりでモワっと出てるなら、プライマーダイマーですね。経験的に。 できるなら、PCR条件をいじるよりも、プライマーを再設計するのが早いと思いますよ。
質問者
お礼
回答ありがとうございます。 50bpでもわっと出ています。やはりプライマーの再設計が一番いいですかね。
- cpbr
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回答No.1
前の質問の解答の中にもありましたが、ポジティブコントロールはありますか？出来ればプライマーのポジティブコントロールとDNAのポジティブコントロール両方があるといいのですが。 PCRでいろいろ条件を変えてやってみても上手く行かないときは、プライマーのデザインを変えるしかありませんが、それは可能ですか？（既に論文等に発表されているプライマーを使っているのでしたら話は全く別ですが）
質問者
補足
回答ありがとうございます。 残念ながらポジティブコントロールはありません。 プライマーは論文等で発表されたものではなく、オリジナルです。デザインは変更することは可能だと思います。
補足
回答ありがとうございます。 これをまた使用して、制限酵素処理するので、シングルバンドでないとダメですね。