サザンハイブリッド法について質問です。大学の授業で習ったのですが、

質問

サザンハイブリッド法について質問です。大学の授業で習ったのですが、
プローブ作成について、どのような塩基を作ればよいかがわかりません。
下記の問について説明していただける方、ご回答お待ちしています。

問：仮想上の遺伝病について、遺伝子Ａに異常があることが分かった。
また、調べられた患者の遺伝子はすべて変異1，2のいずれかであった。
どのようなプローブを作成すれば最も効率よく正常かそうでないかを
識別できるかを考え、そのプローブの塩基配列を答えよ。（全角英字が変異している部分）

正常遺伝子Ａ　　CGATCCTTGATCAGGATTTCGA・・・

変異1　　　　　 CGAＣＴＧＡＣＡＧＡCAGGATTTCGA・・・

変異2　　　　　 CGATCCTTＴＣＡＴＴＣＡＧTTTCGA・・・

解答：ACTA(他の回答例もありましたら教えてください。)

回答No.2

hanebose

正常なのにはTGATCAって，いかにも制限酵素で切れそうな配列がありますよね．変異遺伝子ではそれがない．だから，その制限酵素で切ってやって電気泳動してやると，正常遺伝子のほうが短い長さのバンドになって，変異アレルは長いバンドのシグナルになる，っていうのが気がついた点です．

実際問題としてこの長さではプローブは設計できないです．PCRのprimerも苦しいかも．

回答No.1

Drgorilla

そもそもサザンブロッティングでの解析に22塩基程度(変異部分だと13塩基)では難しいかと。回答例のACTAの意味がわかりませんが4塩基では通常の温度ではハイブリダイズさえできないはずです。

回答に直接関係ありませんがACTAが正常遺伝子中のTGATから出てきたのなら、相補鎖あるいは塩基の記述法を勘違いしています。

この変異の条件で効率よく識別したいのならば、適切なところにプライマーを作ってPCRかなぁ。