PCR, RFLP, 対立遺伝子の疑問

質問

よろしくお願いいたします！

二倍体生物（２ｎ）の場合、相同染色体に含まれる対立遺伝子が正常（AA)で、制限酵素によってDNAが切断されないとした場合、これをRFLP法での電気泳動の結果を基準とした場合です。

対立遺伝子の一方に塩基の変異があって（Aa）、変異した箇所が制限酵素に認識されるとき、RFLP法の結果、ほぼ同じ長さに切断されれば、2本のバンドが見られ（切断されないものと、切断されたもの）、切断された短い方のバンドは2倍のDNAを含むので、多少明るく見えるのではないでしょうか。
もし切断された長さに違いがあれば、3本のバンドに見えるのではないでしょうか。

次に、対立遺伝子の双方に塩基の変異がある場合（aa）、そこが制限酵素に認識されとすれば、DNAの真ん中あたりで切れれば、一本のバンド、長さに違いが生じれば、2本のバンドが見られる、と考えてもよいでしょうか？

それとも、どこか、根本的に間違っているでしょうか？

よろしくお願いします！

回答No.1

CTAB · ベストアンサー

電気泳動の蛍光発色はCopy数ではなく、ヌクレオチドの量（ng）に依存します。
　Aaがちょうど真ん中にあったとするなら、copy数は2倍になりますが、ヌクレオチドの量は切れていないものと全く等しいはずなので、蛍光強度は同じです。
　切断された長さに違いがあれば、三本（切れてないほうの遺伝子。切れた長い方の遺伝子、短い方の遺伝子）になります。

>次に、対立遺伝子の双方に塩基の変異がある場合（aa）、そこが制限酵素に認識されとすれば、DNAの真ん中あたりで切れれば、一本のバンド、長さに違いが生じれば、2本のバンドが見られる、と考えてもよいでしょうか？
　いいと思います。ただ、電気泳動は割りと細かく判断するので、長い一本が半分で同じバンドとして重なることは殆どありません。

お礼

どうも有り難うございます。

「電気泳動の蛍光発色はCopy数ではなく、ヌクレオチドの量（ng）に依存」という点について、勉強になりました。

切れたものについて、完全に同じ長さになることはあまりない、ということも覚えておきたいと思います！