cDNAアレイとオリゴアレイの用途の違い

質問

自分で基盤にスポットするDNAアレイで
cDNA(1000 bp)とオリゴ(50 bp)とのどちらを基盤に固定するかの
選択の基準を知りたいです。

つまり、
スポットcDNA - ハイブリ(oligo or cDNA) と
スポットoligo - ハイブリ(oligo or cDNA) との違い

特に、用途の違いを知りたいです。

どなたかご解答の程、よろしくお願いします。

回答No.2

yomagt · ベストアンサー

>cDNAを固定する人は非特異的なハイブリの影響を気にしないのでしょうか？

これは個人の考え方や、手持ちのサンプル（たとえばすでにlibraryなんかもってるひと）、対象生物の配列、そして予算などのファクターが絡むので、なんともいえないと思います。

僕も　もし何らかのライブラリーをもっていたり、HTPでｑPCRする装置もっていたら、考え方も変わるかもしれませんしね。（笑）

＞おっしゃるとおり、別の方法で検証する必要がでてきますよね。
PCRなどでのvalidation作業はいずれにせよ必要だと思います。
アレイはあくまで　1st　screeningのツールですから。

お礼

再度のご解答ありがとうございました。

DNAアレイをスクリーニングツールとして使っているとは
勉強不足でした。

ご丁寧なご解答どうもありがとうございました。
勉強になりました。

回答No.1

yomagt

シグナル強度から言うとcDNAのほうが高く、気持ちのよい（？）データー値になりますが、このシグナル中にどのくらいのノンスペが含まれるかは、個別にチェックする以外（つまり、アレイの意味が無い）検証が不可能です。そのため、同一基板上に載せる対象遺伝子群の相同性が気になる場合は、絶対にオリゴのほうがよいです。GC%などにも依存しますが、数十％以上相同性があれば、1000bpcDNAアレイでは類似遺伝子の発現差が区別が付かなくなるリスクが高く、せっかく高価なアレイを利用する価値が半減しますし、アレイ後のqPCRなどの検証対象が絞り込みにくくなります。
オリゴアレイで感度を上げるには、オリゴ長を増やすか、サンプル調整方法で工夫するかで解決できます。オリゴの長さは、予算的に可能であれば60-80mer以上のほうが感度が上がります。サンプル調整は、アジレントやシグマなどから、IVT（in vitro translation)を利用したaRNAキットが出ています。これでリボProbeを調整するのがよいと思います。

お礼

ご解答どうもありごとうございます。
DNAアレイ初めてなもので、しっかり説明しないと購入できなく困っておりました。

cDNA はシグナル強度が高いけど、非特異的なハイブリがおきる
オリゴはシグナルが弱いけど、ハイブリの信頼性は高い
ということですね。

確かに、発現量の差が信頼できないと困りますね。オリゴの方がよい気がしました。

重ねてお尋ねしたいのですが、
cDNAを固定する人は非特異的なハイブリの影響を気にしないのでしょうか？

もちろん、配列やハイブリ条件の設定次第なところはあるかとは思いますが、
おっしゃるとおり、別の方法で検証する必要がでてきますよね。

もし、ご存知でしたらお教え頂ければ幸いです。