シークエンスが読めない原因

質問

ユニバーサルプライマーを用いてPCRし、シングルバンドであることを確認後、ゲルを切り出し、ゲル濾過し、シークエンスしました。
しかし、得られた波形データはフラットで、Gの波形においてピークというのではなくなだらかな山型に出ています。この原因として、反応阻害物質があると考えるべきなのでしょうか。配列が長いものは短くプライマーを設計し、シークエンスすべきでしょうか。

補足として、
・読みたい長さは1000前後、
・シークエンスは外注です
かなり乱雑な質問ではありますが、ご教授願います。

回答No.2

noname#45950

＞配列が長いものは短くプライマーを設計し、シークエンスすべきでしょうか。

シーケンサーによって読める長さが決まってますので、それ以下にすべきです。

回答No.1

MIYD

外注先が推奨している精製方法やDNA濃度にしていますか？

まずは、外注先に予想される原因とその対策を問合せましょう