プロモーター解析で、ヒトとマウスのホモロジーがないelementは重要ではないのでしょうか？

質問

LXRの下流にあると思われる、マウスの遺伝子のプロモーター解析を行なっているのですが、deletion assayを行なっていき、重要だと思われる部分を数百bpまで絞り込みました。この部分にはLXRの結合配列が二つあるのですが、両方とも、ヒトの配列と比べると、ホモロジーが低いです。
また、ヒトの配列のこの数百bpに相当する部分のなかに、マウスとは保存されていないLXRの結合サイトがあることがわかりました。

このように、ゲノム上の位置がだいたい同じで、ヒトとマウスで保存されていない転写因子の結合サイトが、機能的に働くことはあるのでしょうか？

今後、詳細にプロモーター解析をやるべきか、とちゅうで止めるべきか悩んでいます。なにかアドバイスがあればよろしくお願いします。

回答No.1

MIYD

ORFで、マウスに無いドメインがヒトにあり、それが機能する例がありますので、
プロモーターでもデータ無しに機能しないと書くとクレームがつくと思います。

お礼

たしかに、やってみないとわからないですものね。
現在deletion mutantを作製しています。
有り難うございました。