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※ ChatGPTを利用し、要約された質問です（原文：プロモーター解析）
プロモーター解析方法とは？
このQ&Aのポイント
- プロモーター解析におけるS1マッピングとは、5'プローブでmRNAとハイブリダイズし、電気泳動でのサイズから転写開始点やスプライス部位を調べる手法です。
- プロモーター解析では、レポーター遺伝子つきのベクターに調節領域を挿入し、対象細胞での発現を見る方法があります。
- プロモーター解析では、S1マッピング以外にもさまざまな方法があり、電気泳動でサイズが分かった後に標的調節領域に変異を導入して詳しい機能を調べることもあります。
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質問者が選んだベストアンサー
5'RACEでRNAの5'末端を決めるという考え方もありますが、PCRをかませると、5'まで伸びきっていないRT産物も、伸びきったものと同じくらい増幅されてきますので、検出される末端の位置にかなりゆらぎが生じます。RNAから逆転写した産物をダイレクトに見るprimer extensionは、伸びきったところで止まる産物が最も多く、シグナルが一番強くなるので、そういう問題は起こりにくいです。
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- geneticist12
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回答No.1
S1マッピングは転写開始点を正確に決めるために行うものであって（エクソン、イントロンを決めるのにも使われていましたが、今ではRT-PCRなどでより簡単に調べられるようになったので、この目的で使われることはまずありません）、レポーターアッセイとは目的が違います。S1マッピングのほかに、primer extensionという方法もポピュラーです。いずれの場合も、シークエンスラダーと並べて泳動することによって、一塩基単位でRNAの5'末端がゲノムDNAのどこにあたるかを決めることができます。プロモータアッセイは、転写開始点から上流をターゲットにするので、転写開始点を正確に決めてからはじめるのが定石です。
質問者
お礼
早速のご回答ありがとうございました。 ＞シークエンスラダーと並べて泳動することによって、一塩基単位でRNAの5'末端がゲノムDNAのどこにあたるかを決めることができます なるほど、正確に決定することが分かりました。 プライマー伸長法の場合も転写されたmRNAをプローブつきのDNAに置き換えて電気泳動しているようですが、考え方としてはRT-PCRに良く似ているように思いました。違うのはプライマーぐらいでしょうか？それともまったくの別物なのでしょうか？
お礼
大変参考になりました。 primer extensionはRACEのようにcDNAの3'末端にアンカーをつけてPCRするわけではないので、5'からの伸長によって転写開始点に達しやすいことがわかりました。実際やってみないと覚えにくいようにも思いますが、今後も質問する際にお世話になるかもしれません。ありがとうございました。