アリル特異的PCR法の原理を教えてください。

質問

生命科学を学んでいる大学３年生です。
アリル特異的PCR法についての文献を探しているのですが、なかなか見つかりません。良い文献を知っていたら教えてください。あと、原理、使用目的を教えていただけないでしょうか？

お願いします。

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

原理的には単純なので、むしろそれだけを論じているような文献は探すのが難しいかもしれませんね。

PCRで特定の標的配列を増幅するには、標的配列特異的（完全に相補的）なプライマーが必要ですね。とくに伸長反応が開始される3'末端の配列がミスマッチだと増幅が起こりません（それ以外の部分では多少のミスマッチがあっても増幅します）。

Alleleが異なるということは、どこかしらDNAの配列が異なっていることです。Allele間でかなり異なっているとか、一方には存在するけれど他方には存在しない配列に対してプライマーを設計すれば、特定のAlleleを持つ場合だけ増幅が起こります。

また、AlleleがSNP（一塩基の違いによる多型）の場合でも、その多型を示す塩基をプライマーの一番3'端に設計すれば、このAlleleはこのプライマーではPCRがかかるけれど、別のプライマーではかからないということで区別できます。

いろいろな研究者やメーカーがいろいろな工夫を加えたシステムを出していたりしますが、原理はこれだけです。

他にallele特異的PCRとはちょっと違いますが、PCRを利用してSNPタイピングをする方法としてTaqManプローブを使う方法がありますが、参考まで
http://members.at.infoseek.co.jp/bunseiri/kensitu2.htm

＞あと、原理、使用目的を教えていただけないでしょうか？

方法論としての文献はほとんどないでしょう。実際に何かの研究でAllele, SNP, ハプロタイピングなどをしている論文の中で使用されているものが見つかるはずです。

お礼

ご親切にありがとうございます。自分がPCRを理解していなかったことがわかりました。おかげさまでスッキリ理解できました。