親子間の土地売買における所得税支払いについて

質問

父が経営者、子の私が、急遽、訳あって経理をみています。
会社は、銀行への借金返済が滞り、現在、代位弁済により信用保証協会と債務についてやり取りをしております。（経営者個人（父）は連帯保証人です。）自宅兼事務所（父名義の土地・建物）が抵当に入っておりましたが、約2500万程度で信用保証協会も了解の上、兄弟が買い取ってくれました。（不動産業者に仲介に入ってもらってます。）ほっとしていたところに、顧問税理士から、父の自宅兼事務所の売買にて、親子間の売買では控除が使えないので、まるまる税金がかかると。。。（約2500万－数年前の改築工事費約500万）×20%＝400万円を支払うしかないと。。。ちなみに建物取得時の契約書は全く残っておらず、また残っていたとしても、築35年の建物で、殆ど償却されているはずです。
信用保証協会に強制的に持っていかれた（任意売却の形ですが）のに、所得税をまた払わねばならないのでしょうか？ちなみに、兄弟にこの自宅兼事務所を買い取ってもらったおかげで、ほそぼそ、会社は続けられております。父（経営者）自身の収入は、年金のみ。役員報酬は、当然支払い無です。このような状況で、通常の不動産売買の確定申告をするしかないでしょうか?　また、所得税を払えるだけ払うという交渉で、20年計画などという願いを役所は汲み取ってくれるものでしょうか？（父は、現在75歳、、そろそろボケが気になる年頃です。）次から次へと降りかかる問題に素人の私は、さすがに疲れてきました。
分かりづらい質問で申し訳ありません。どうぞよろしくお願いいたします。

回答No.1

walkingdic

基本的には譲渡所得があったことは事実ですから、親戚から貰った代金を今回のように信用保証協会に支払ったとしてもその分経済的利益を受けていることに違いはないので、譲渡所得にかかる税金を軽減できることにはなりません。
ただ今回の場合、やり方がまずかったことになりますので、何かトータルとして軽減できる策がないかどうかを税理士と相談するしかないでしょう。
今回の譲渡に関しては税務署は既に把握していますから、確定申告しないのは更に無申告加算税や延滞加算税などを取られることになりますので、３／１５までは時間もありませんから、税理士とよく相談して考えるしかありません。

補足

ご回答、誠にありがとうございます！！
やはりそうですか。。。軽減策はなさそうなんです。微々たる医療費控除ぐらいです。35年前の建物取得時の資料もなく、、税理士さんも困っていました。差し押さえできる物は、何もなくなりましたので、現段階では、役所と分割交渉しかないかなぁと思います。とは言っても、400万もの税金を年金から支払うのみなので、2～3年では到底無理です。最短で、15～20年と考えています。請求が来る前に何かしらの手を打つ方法があれば・・・と思いましたが、抵抗しても無理そうですねぇ。請求が来た後の役所との交渉を考えると正直、気が重いです。