たんぱく質の滴定曲線

質問

あるたんぱく質の滴定曲線をつくりたいのですが、このたんぱく質の解離基の種類(ヒスチジン・リジン・アルギニン・アスパラギン酸＋グルタミン酸・チロシン・システイン)とそれぞれの個数、pK値が分かっていて、このデータから各pH(2.0～12.0)における各解離基の電荷を求めたいのですが、pH=pK+log[A±]/[A+]という式を利用したのですがうまくいきませんでした。どうやって求めればいいのでしょうか？

回答No.3

c80s3xxx · ベストアンサー

> 負電荷のほう(例えば、チロシン・個数19・pK=9.5・pH2の時電荷0)の計算方法は正と違いますよね？

違いませんよ．考え方はまったく同じ．
チロシン残基のフェノール性 OH 基の解離平衡は -OH <=> -O(-) + H+ で，リジン残基の解離平衡は -NH3(+) <=> -NH2 + H+ で，それぞれの反応についての pKa が出ているだけのことです．
pH = pKa + log[-O(-)]/[-OH] であり，1残基当たりの平均電荷 = -[-O(-)]/([-O(-)]+[-OH]) というだけです．
正電荷の場合と考え方でどこが違いますか? 式の形が違うなんて，意味のないことをいわないでくださいよ?

お礼

自分自身、基本的なことが分かっていなかったようです。もう一度勉強し直します。いろいろとどうもありがとうございました。

回答No.2

c80s3xxx

> リジンの個数は59、

それはタンパク全体で59残基あるってことですか?

> 平均電荷数=0.9999

pH 2 で，pKa=10.5 ですから，1残基あたりの電荷はほぼ1でなくてはならないので，おかしくもなんともないです．59残基あるなら，タンパク全体ではリジンは 59+ 分の寄与があるというだけです．

補足

すいません、個数をかけるのを忘れていました。立て続けで申し訳ないのですが、正電荷のほうは終わったのですが、負電荷のほう(例えば、チロシン・個数19・pK=9.5・pH2の時電荷0)の計算方法は正と違いますよね？正と同じようにやってもうまくいかなかったのですが。

回答No.1

c80s3xxx

そもそも，たとえば酢酸やグリシンの滴定曲線を計算できますか?
各解離基の荷電状態は pH=pKa + log[A-]/[HA] という式から [A-]/[HA] を求めれば，計算できるでしょう．
たとえばリジンのε-アミノ基なら，そこの pKa を使って pH=pKa+log[NH2]/[NH3+] の関係から [NH2]/[NH3+] がわかるわけで，あとはこれから平均電荷数=[NH3+]/([NH2]+[NH3+]) を求めればいいわけです．
他も同様．

補足

ちなみに、pH2.0のところだけ最初から埋まっていて、リジンだと59になっています。リジンの個数は59、pK値は10.5なのですが、ここからpH=pKa + log[A-]/[HA]を解くと、[A-]/[HA]=3×10＾－9となり、平均電荷数=0.9999となってしまうのですが、どこか計算がおかしいのでしょうか？