タンパク質のN末端分析

質問

先日、実験でタンパク質のN末端分析を行いました。分析法としてDNP法を使ったのですが、その機構についていまいちよくわからないところがあります。文献などでも調べてみたのですが、疑問点として残ったものが、
（１）なぜFDNB（１－フルオロ－２，４－ジニトロベンゼン）を弱アルカリ性条件下でペプチドに作用させるのか
（２）DNP化されるアミノ酸残基の種類と状態
（３）HCｌ加水分解後のDNPアミノ酸の状態
です。（２）では特にArgについて、（３）では特に酸によって分解してしまうアミノ酸について詳しく知りたいです。
　いくつも質問してしまいましたが、１つでもいいので何かご存知の方がいらっしゃいましたら教えていただけないでしょうか?

回答No.1

of-ficious · ベストアンサー

日本生化学会編集の（旧、新）生化学実験法講座などのタンパク質化学の巻で、化学修飾の項目を見ると出ていると思います。
FDNBの反応は親核的なので、アミノ基とか、スルフヒドリル基と反応します。アミノ基のうち、αとεアミノ基があるわけですから、それをなるべく区別しようとすると、荷電状態が問題になり、適切なpHで反応をさせることが必要になります。Argはアミノ基ではないから、反応しないか、しても不安定な誘導体しかできないのではありませんか？むしろCysが問題でしょう。また、GlnやAsnは酸アミドですから、アミノ基みたいに見えても、反応しないでしょう。酸化水分解で失われやすいものというと、Trpなどでしょうけれど、DNP誘導体の安定性は、原著論文でも見ないとわかりません。

お礼

なるほど、確かにArgはアミノ基ではないですからね。反応するかもしれないけれど、アミノ基のようにきれいに修飾されるわけではない、と。私が聞いた説明では塩基性アミノ酸（Lys,His,Arg)と、Cys,Tyrが反応すると聞いたので、どれも同じように反応するのかと思い込んで混乱してしまいました；；これで1つ、すっきりしました。
　でもまだ腑に落ちないところがいくつかあるので、教えていただいた文献を参照してみようかと思います。とてもわかりやすい回答、ありがとうございました！