RNAi 設計配列の評価ができるサイト

質問

現在では、RNAi関連の情報が多く出ていると思います。
その中で、自分でデザインしたdsRNAの配列評価・阻害効率を、
予測してくれるようなサイトをご存知の方はいらっしゃいますでしょうか。
受託合成などを行なっている各メーカーでは、
独自のアルゴリズムを用いて設計しておりますが、
それに該当しないような配列なので、
実際効くかどうか、実験前に分かれば良いのですが。

宜しくお願い致します。

回答No.1

noname#17364 · ベストアンサー

こんにちは。
　私もしょっちゅう探すんですが、見つけたことはないです。
　結局「効くRNAi」というのは利益に直結しますから、メーカーは絶対こうしたアルゴリズムを無料では公開しないでしょう。また、高い精度でRNAiの効果を予測できるシステムは少なくとも論文レベルで公表されていません（まだ分かっていない）から、事前に予測するのは現時点では不可能か、できてもあまり当てにならないと考えた方が良いのではないでしょうか。
　いくつか効きやすい配列の特徴を探ったような論文がありますから、それを参考に5本くらい作って、試してみるしかないのが実際ではないでしょうか。

　しかし最近では何万もの遺伝子のsiRNAが様々なメーカーからプリメイドで提供され始めていますから、それを使うのが結局は手っ取り早い、ということになるかと思います。

お礼

ご返答ありがとうございます。
やはり、各メーカーが持たれているアルゴリズムを信じ、試してみるしかないようですね。
どのメーカーのアルゴリズムが好評と言うお話は聞きますか？
ご存知ならお教え下さい。