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同義コドンの使用頻度の検索法
- 同義コドンの使用頻度を調べる方法はDDBJなどのデータベースから種名を入力するか、適当な配列から同義コドンを調べることができます。
- 同義コドンの使用頻度は生物種ごとに異なるため、縮重プライマー設計時には該当種での同義コドンの使用頻度に合わせる必要があります。
- 同義コドンの使用頻度を調べることで、縮重プライマーの設計によってアミノ酸配列の解明がより効果的に行えます。
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まとまったものはメジャーなモデル生物に限られるでしょうから、マイナーな生物だとないでしょうね。まあ、ほ乳類、昆虫や植物なら離れすぎでしょうけれど、酵母とかアカパンカビあたりなら、それほど外れていないのではないでしょうか。結局、頻度の高いコドンを選んでいっても、目的の遺伝子配列がそのコドンでない確率は低くないし、たまたま一番レアなコドンが使われている確率もゼロではないですし。 ご存知かと思いますが、PCRプライマーでは3'末端のマッチが大事です。ほかがパーフェクトマッチでも、3'末端の一塩基が違っているだけでPCRはまったく走らなくなります（特に校正活性のない酵素を使う場合）。逆に、3'末端の数塩基がマッチしていれば、ほかにミスマッチがある程度含まれていても、条件設定によってはPCRが進みます。 同義コドンの多くは、1塩基目、2塩基目が共通で、3塩基目に揺らぎがあります。ですから、プライマーの3'末端はコドンの一塩基目二塩基目に相補にすることで、確実性を増すことができます。イノシンを入れる場合は、3'端末端以外でコドンの3塩基目に入れるといいのではなかったかな？
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- geneticist12
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codonの使用頻度の表をCodon tableといいます。 「Codon table」で検索すれば、ウェブ上でもいろいろなところで公開されているものがあります。たとえば、かずさDNA研究所の http://www.kazusa.or.jp/java/codon_table_java/
補足
早速のお答え、ありがとうございます。 Codon Tableと言う物が多く公開されているのを知り、とても勉強になりました。 ただ、私が材料としているのがマイナーなカビの仲間であるせいか、属レベルで一致するCodon Tableに辿り着くことができません。 このような場合はやはり自力でCodon Tableを作成するのが早道なのでしょうか。
お礼
再度の回答をありがとうございます。カビの世界は名前が似ていても離れている物が多くてやっかいなのですが（汗）こればかりは仕方ないですね。 PCR全般についてのアドバイスもありがとうございます。あまり予算がない研究室なので（汗）イノシンを出来るだけ入れたくないとCodon Tableを調べていましたが、必要な所にはできるだけ上手く使うようにします。