建築確認申請

質問

建築確認申請時において
各種関係法令も同時に手続きするものでしょうか？
例えば、埋蔵文化財や土対法等　該当するものは全て
確認対応することが、建築確認申請の要件にあるのか
それとも、あくまでも建築確認申請は建物に関しての申請で
その他法令は無関係なのでしょうか？

気になる物件（倉庫）があるのですが、そういう関係法令もクリアしているのか少々気になったもので。もちろん現所有者に確認すれば良い物ですがけっこう施主様はこういったことに疎く、業者にまかせっきりが多くしかも完成後時間が経過すれば、書類も失くしていることが多いので。

お分かりになられる方、どうぞよろしくお願い致します。