棚卸しについて教えてください
入社間もない新人一年生です。
お恥ずかしい話ですが、「棚卸し」の意味があまりよくわかりません。
例えば帳簿の在庫数と倉庫の実際の在庫数を調べて、もし帳簿の在庫数と合わなかった場合、（たとえば帳簿では在庫が２あるはずの商品が実際には１しかなかった場合）その調整はどうするのですか？足りない分を1新たに発注して帳簿数にあわせプラスマイナス0にするのですか？それとも帳簿を在庫1に書き換えるのですか？
また、うちのお店では消化品（セール品）は毎月棚卸しをすると聞きました。先輩の作業を見ていると、その消化品の在庫を調べてほとんど売れていない商品は会社に返品すると言っていました。でも、全部返品してしまったらお店に出す消化品がなくなってしまうので、少しは残しておくと言ってました。（それは理屈としてわかります）
私がわからないのは、どうして売れない消化品を会社に返品する時に棚卸し用の書類に書いていくのかがわかりません。本来でしたら会社に返品するのですから返品用書類に書き込んで会社にFAXすればいいことではないのですか？
・消化品の帳簿の在庫数を数える
・現在の消化品の在庫数を数える
・売れない消化品を返品する
この3つを消化品の棚卸しとしてやっているようなのですが、
それではもし消化品の現在の在庫数と帳簿数とが異なった場合
会社にいくつ足りません（帳簿と合いません）と言って、不足分を送ってもらう様に頼むのですか？
棚卸しの行程がよく把握できないので、ご存知の方
解かりやすく教えていただけませんでしょうか。
ちなみに私は百貨店の中でメーカー勤務をしております。
先輩が厳しくて説明がとてもわかりにくく仕事がなかなか理解出来ません。
補足
確定申告する際は棚卸しとか、どうなりますか？