ショップ＆喫茶店を移転 内装等の規定は？

質問

知人が貸倉庫を借りてショップ＆一角でコーヒー等を提供する喫茶店をするそうです。
それに伴い内装工事や階段や棚を付けたりする工事をするらしいのですが、違反等にならないのか心配です。
元々は１階貸倉庫、２階事務所、３階住居という風に貸していた建物ですが、今は３階の住居のみ賃貸で貸していて、今回知人が新たに１・２階を借りるそうです。
２階は手を入れずに事務所のままにして、主には１階で、ショップと喫茶店のようなものをするそうです。
喫茶店なら保健所の届け出も必要でしょうし、建物としても違反にならないようにしておかなければなりませんよね？
１階部分にステージを組んで階段を付けたいそうなので、そのための工事もするそうです。
工事や検査・届出等で何を気を付ければ（どういう申請が必要なのか）分かる人がいれば教えてもらいたいです。
今回の建物は親族のものらしく工事も全て自分で行なうみたいです。
相談できる人がいないので、役所で聞く前に予備知識としてこちらで質問させていただきました。
よろしくお願いします。