BLASTで複数の配列を比較したいのですが。

質問

nucleotide blast の Align two or more sequences を使って自分の手元にある複数の塩基配列を比較したいのですが、使い方がよくわかりません。

２つの配列を比較するだけならもちろんできるのですが、two or more というからには一度に複数を比較できるのでしょうか？
ヘルプには一つもしくは配列のリストを入力せよと書いてありますが、これだけではよくわかりません。

よろしくお願いいたします。

回答No.1

ki073

データベース中のこれまで分かっている膨大な量の配列と比較するのではなく、分かっている少数の配列と比較するのですよね。

BLASTでもできるように書いておりますが、実際にはやったことはありません。

そのような場合は、clustalWでやることが多いです。
http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
デフォルトでBLASTと同じblosumアルゴリズムになっていますので、たぶん同じ結果になるように思います。
日本語のページですので、入力の仕方も書いてあります。

配列の入力はFASTA形式がよく用いられていますので、BLASTも複数の配列の入力に使われているのではないでしょうか。
上のリンクの具体的な書き方は「複数検索の例」にあります。

お礼

ご回答ありがとうございます。

はい、分かっている配列同士を比較したいのですが、
やはりclustalWを使った方が手っ取り早いのですね。

これからはclustalWをもっと使っていくようにしたいと思います。