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タンパク質の３次元構造
あるアミノ酸配列から、そのタンパク質の３次元構造を予測するには、どうしたらよいでしょうか？パソコンで簡単にできるような、フリーソフトとか、あるんでしょうか？
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＞たとえばあるタンパク質のレセプター部位の構造はどん なものであるかを調べることは可能ということでしょう か？ あなたが調べたいタンパク質と一次構造で相同性を持つタンパクが研究されていれば，可能だと思います． 参考URLから，「spdbv」というテキストファイルをダウンロードしてください． swiss pdb viewerというフリーソフトのマニュアルです（このマニュアルは，私が学生時代作ったもので，正式なものではありません．よって，説明不足や間違いもあるかもしれません．） 使い方が少し難しいソフトですが，タンパクを研究するなら非常に有用だと思います． 一通りの使い方が書いてありますが，あなたに必要なのは，一番最後の「ホモロジーモデリング」です． ちなみに，このテキストファイルはあなただけが使用してください．学生時代のものなので，少し恥ずかしいので・・・．
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＞ホームページみてみましたけど、わかりませんでした。 10年ぐらい前に星薬のどなたかが.講演していましたので.コンピューター化学学会（でしたか？）の抄録等を探してみてください。 場合によると.定年退官等しているかもしれません。
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ありがとうございました。ホモロジーモデリングで解決しました。
- cycasin
- ベストアンサー率19% (4/21)
参考URLに３次構造予測のサービスがあります。ホモロジーモデリングと、フォールディング予測によるものがあります。 ソースコードを配布しているものがあるのかは調べていないので分かりませんが、もしあるとしたらLinuxやIRIXで動くものでしょう。
- 参考URL：
- http://bioinfo.pl/Meta/
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ありがとうございました。いろいろ試してみます。
- takakokoreo
- ベストアンサー率34% (21/61)
アミノ酸配列だけからその3次構造を予測するのは非常に困難です．（2次構造なら不可能ではない） そこで私は，アミノ酸配列から相同性のあるタンパク質を検索し，この3次構造を元に立体構造を構築していました (ホモロジーモデリング)． むかしマニュアルを作ったので，もし希望があればここに書きますよ（ヤフーのブリーフケースなどを使ってダウンロードしてもらうことも可能です．）． （現在，HDDに保存しておらず，CDにバックアップを取っているだけです．今から探してみますね．）
お礼
ありがとうございました。ヤフーのブリーフケースってなんですか？ダウンロードしたいと思います。タンパク質の一部であるペプチドの構造、たとえばあるタンパク質のレセプター部位の構造はどんなものであるかを調べることは可能ということでしょうか？
たしか.星薬科大学の誰かが調べて（つくって）いました。 探してみてください。
お礼
ありがとうございました。ホームページみてみましたけど、わかりませんでした。
お礼
ありがとうございました。ダウンロードさせていただきました。がんばってみます。