先ほど質問した電気泳動実験と関連している事で、

質問

先ほど質問した電気泳動実験と関連している事で、
二個ほど質問があります。

(1)実験によって出てきた各バンドに含まれているDNA量は、どのようにして求めるのでしょうか？
(2)長さ通りの位置にバンドが現れるには、どのような処理をしてから泳動すればいいのでしょうか？

お答え、宜しくお願い致します。

回答No.2

sewingcough · ベストアンサー

(1) 出てきたバンドからDNA量を厳密に見積もるのは結構難しいです。
一番一般的な方法としては、濃度を調べたいDNAと同じ大きさのDNAを用意して、
100ng/uL、200ng/uL、300ng/uLといった感じで濃度を振って
濃度を調べたいDNAと同時に流してバンドの濃さを比較するというものです。
定量性は結構低いですが、100ngに近いか200ngに近いかくらいは見積もれます。

(2) 直鎖DNAならば長さ通りの位置にバンドが現れます。
というのは、環状DNAの場合は開環構造（Open Circular、URLのaの上）と
超らせん（Super Coiled、URLのaの下2つ）の二種類の構造を取り得るためです。
どういう構造かは参考URLをご覧ください。
直鎖DNAよりも長鎖側に開環、短鎖側に超らせんのバンドが出てしまい、
またこれらは直鎖とは異なり長さに対してログスケールの位置に出ません。
ですので結論としては、環状DNAならば制限酵素で一カ所を切断し
直鎖DNAにするという操作が必要になります。

参考URL：

http://www.nature.com/nrmicro/journal/v3/n2/box/nrmicro1088_BX1.html

お礼

詳しく教えて下さり、ありがとうございました。
参考にさせて頂きます！

回答No.1

stringf35

（１）既に量が分かっているDNAの希釈系列を一緒に泳動して、検量線を作製すればサンプル中のDNA量を定量可能です。検量線の作製に使うDNAの鎖長とサンプルのDNA鎖長が異なる場合はちょっとやっかいですが。
（２）一本鎖で、ということでしょうか。DNAどうしのアニーリングや立体構造をとるのを防ぐために変性条件下で泳動するのだと思いますが、やったことがないので確かなことはいえません。二本鎖でも、環状DNAは長さ通りの位置にバンドが出ませんので、制限酵素で１カ所切断してから泳動する必要があります。

お礼

ありがとうございます!
大変参考になりました。
これで、レポートが片付きそうです。