消費税の課税標準額について
経理に関して知識が無いので、ご教授下さい。
まず、１つ目です。
消費税及び地方消費税の確定申告書の(1)「課税標準額」についてですが、これはどういったものになりますでしょうか。
例えば、１万円（税抜）の契約をお客様から頂き、半分の５，０００円（税抜）が回収できていたとすると、課税標準額にあたるのは回収できた売上５，０００円や、その他雑収入等ということであっているでしょうか？
この１年の契約数と金額、売り掛けの回収金額などをざっと見たところ、税理士さんが申告した金額をみると、契約していただいた金額ではなく、回収できた分が対象になっているのかな？という風に感じたのですが、いかがでしょうか？
社長から「税理士さんに内緒で調べて」といわれたので、聞くわけにもいかないため、ネットで検索しているのですが、書いている内容が私には難しすぎてよくわかりません。
２つ目ですが、
申告書の２６、「消費税及び地方消費税の合計（納付又は還付）税額」のところに金額が入っており、その金額の納付書が税務署から届きますが、年に３回納付書が届いているそうです。
例えば、(9)差引税額が１００万円として、中間納付税額はその半分。
地方消費税は中間申告すると25％の半分ですよね。
1,000,000×25％＝250,000（半分だと125,000）
大まかに言えば
500,000＋125,000＝625,000
が納付額になると思うのですが、なぜ3回も同じ金額を納付するのでしょうか。
結局の所、625,000円を３回納付することになりますが・・・・。
それは、どこを見れば判断できますでしょうか。
(2)の消費税額の金額とも合わないですし、課税標準額の5％の金額でもないようなのですが、どこからそんな金額を１年間で払っているのか、その金額はどこに示されているのか理解できません。
社長も税理士さんに任せっぱなしで出された数字をずっと納付していたそうで、最近になって
「納付額が売上に対して大きすぎないか？」と疑問に思ったそうです。
私も経理担当になったものの、今まで務めていた所でも全て税理士さんがいたので、決算を自分で遣り上げたことがなく、そこまでの知識がありません。
どうか、素人の私にもわかりやすく教えていただけないでしょうか？
よろしくお願い致します。
補足
わざわざご回答いただきまして、ありがとうございます。 使途が特定されない財源を、某役人があえて役人の給与になっていると言っているのですから、この国は一体どうなるのだろうかと不安になりますね。ある意味、この役人は正直な人なのかもしれませんが。 私は一般庶民ですが、自分の責務を果たして、この先も精一杯生きていきたいと思います。