長鎖のオリゴDNAのTm値

質問

長鎖のオリゴDNAを設計していて疑問が生じました。
一般に、長鎖の場合は、Tm値の計算はGC%法が良いと言われて
いるようですが、この場合、妙なことが起ります。

例えば、70mer程度あって、末端にA/Tが続く場合、その部分を
切り縮めた方がTmが高く計算されるのです。

Ｔｍ(℃)=81.5+16.6*log[S]+0.41*(%GC)-(500/n)
（最後の500は675になっている文献もあり）

ですから、鎖長が短くなったことより、GC%が上昇することの
方が大きく寄与するのは式からも読めますが。

例えば、
----GCGCATAT 70mer
----GCGC 66mer
の場合、下の方が高いTmになります。

弱いとはいえ、A-T間の結合もΔＧはマイナスですから、
本当は、無いよりはあったほうが全体としてのΔＧも下がって、
Tmは僅かには上がるか、もしくはほとんど変わらないのでは
無いかと思うのですが、いかがなものでしょうか？
（鎖長が伸びて逆にTmが下がるというのは、どうもしっくり
来ないのです。）

回答No.1

gcat

ちょっとお尋ねしますがＤＮＡの塩基は必ず３つで１単位ではないのですか？
GCGCATAT
GCGC
のような単位でも成り立つのですか？

補足

アミノ酸への対応を考える際には３塩基単位で扱いますが、
DNAそのものは、必ずしも３つで１単位というわけではありません。
ちなみに上の例では、----の部分は、省略した任意の64塩基
を示しています。