電気泳動

質問

先日ゲル電気泳動(SDS-PAGE)をやった時にできたバンドで若干広がって出てきました

そこである人はブロードしてるね、といって

またある人はブロードニングしてるね、といって

またある人はスメアになってるね、と言いました

人によって言うことがまちまちなのですが、どういう意味なのか教えてください。お願いします

回答No.2

oil-sour · ベストアンサー

ブロードとブロードニングは同じだと思いますが
両方とも泳動に対して水平方向に広がっている、という意味です。
両端が上がっている場合はスマイリング(Smiling)とも言います。
サンプルの精製を良くする、泳動bufferの組成を検討することで解消します。
タンパク質のPAGEなどで脱塩が不十分だったり、pHがあっていないと泳動が乱れブロードになることがあります。

一方、スメアは意味が全く違います。
通常１本のバンドとして確認するはずのものが、
分解による断片化などで尾を引くように縦方向に広がり、
一本に見えなくなる現象です。
サンプル調整の段階で泳動した物質の消化酵素のコンタミなどが考えられます。
Total RNAの抽出の際にRNaseがコンタミして断片化したりすると、
泳動でスメアになることがあります。

もともと複数本のバンドがでる場合は、ラダー（ladder;はしご）と表現します。
ラダーではあっても、１本ずつのバンドははっきり見えるはずです。
ラダーでありかつスメアな場合もあるわけです。
ラダーの例としてはPCR増幅したDNAがノンスペシフィックな増幅がかかっており、複数本のバンドが見えるような場合につかったりします。

それぞれ似た様な言葉ですがさしている現象は違いますし、
対処法、原因も違います。
使い分けてください。

SDS-PAGEに関してはGEのハンドブックが参考になります。
http://www.gelifesciences.co.jp/catalog/web_catalog.asp?frame5_Value=1009
この頃は有料になりましたが。

お礼

詳しいご回答ありがとうございます

ということはブロードもスメアも見え方は同じだけれども泳動をかけたものがどのような状態であるか、またどのような対処法があるかによって使い分ければいいということでしょうね

とても助かりました。ありがとうございました

回答No.3

stringf35

タンパク質の電気泳動だという前提でお答えします。

泳動方向にバンドが広がった場合にも「ブロードな」と
表現すると思います。スメアはoil-sourさんご指摘の通り、
バンドが泳動方向に境界不明瞭に広がってしまう場合です。
タンパク質のユビキチン化などでよく見られます。

どの程度縦方向に広がるかによって、ブロードだったり
スメアだったり色々な表現が使われると思いますが、
いずれにせよきれいに一本のバンドになっていないという
意味でとらえればいいんじゃないでしょうか。

お礼

ご回答ありがとうございました

シャープになっていなくて、どのような原因が考えられるかで使い分けたほうがよさそうですね

どうもありがとうございました

回答No.1

sawa001

ブロード: broad = 広い
ブロードニング: broaden = 広げる、広がる の動名詞 broadening
スメア(スミア): smear = 広がり、汚れ

全部英語ですね。

お礼

解答ありがとうございます

英語だということはわかってたんですが、日本語英語だったり、意味が微妙に異なったりすると使い方間違ってしまうことになるので・・・

ありがとうございました