Blastにおける用語

質問

こんにちは。
植物のDNAの塩基配列をBlastnにかけ、結果を見ていたのですが
ちょっと分からない用語があったので質問させてください。

Score=1334bits(673)←この括弧内の数字の意味は…？
そして、Strand=Plas/Plasとはどういう意味なんでしょうか？

どなたか解説をお願いします。

回答No.1

guragura77 · ベストアンサー

＞Score=1334bits(673)←この括弧内の数字の意味は…？

BLAST の結果として表示されている配列と Query との間で相同性が高いとして表示されている部分の長さ。Query の方の長さで示されています。
例えば Query が 1000 塩基だったとして Score=1334bits(673) となっていたら Query の 13-685 塩基部分と Sbjct との Alignment が表示されている、というような状態になっているはず。残りの部分は相同性が低いと判定されたという事です。

＞Strand=Plas/Plas

"Plus" ですね。塩基配列には相補配列がありますから、元の塩基配列を Plus strand、相補配列を Minus strand と表示します。
"Plus/Plus" と書いてあれば、Query の Plus strand と Subject の Plus strand を比較しています。"Plus/Minus" なら Query の Plus strand と Subject の Minus strand です。
blastn では "Minus/Plus" や "Minus/Minus" は "Plus/Minus" や "Plus/Plus" と同じなので Query の Minus strand は使いませんが、翻訳を行う blastx や tblastx なら Query の Minus strand を使う事もあります。

お礼

解説ありがとうございます！
非常に分かりやすく解説していただき、助かりました！

PlasではなくPlusでしたね…；
お恥ずかしい限り(;^^)