DNA断片のシークエンス結果の読み方について

質問

今回、実験で菌体のDNA断片の塩基配列を解析しました。

その結果、A・T・G・C の組み合わせ配列の最後に、
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNと、Nが多数ありました。

Blastで解析し、菌の同定は出来たのですが
このNNNNNというのがきになりました。

このNNNNNNNNNが意味していることは何か、ご存じの方がいたら教えてください。
ヨロシクお願いします。

回答No.1

blackdragon · ベストアンサー

DNAの配列決定を行なう場合、読める配列には限りがあり、限界に近づくと決定できない塩基が増えてきます。

どの塩基か決定できなかった部分は通常Nであらわされます。
従って、Nの部分は、読めなかったシークエンスということですので、除去してからBLAST等の解析に進むのが普通です。

また、Nが連続しだす少し前の部分も、読み間違いが発生している可能性が高いので、要注意です。

お礼

ご回答ありがとうございました。　やはり読み切れなかった部分だったんですね。　その部分を除いた配列でBLASTに入力してみて結果がでました。ご回答ありがとうございました。

回答No.4

hypertensive

AかCかGかT（どれかわからん）の時の略号はNです（処理するプログラムによっては，例えばAかTの時もNと表記されるようですが）．

Nがたくさん連続するというのは，ダイレクトシークエンス（PCR産物を直接シークエンスにかける）では？
端っこまでいくと完全に反応は終わっちゃいますから．

余談ですが，AかG，とか，GかCかT，というようなそれぞれの組み合わせに特定の略号が存在します．これが結構おもしろくて，AかGはプリン塩基といわれるのでpRineのR，CかTはピリミジン塩基なのでpYrimidineのY，CかGは強く結合するのでSTRONGのSだったり．．．NはたしかANYのNだったと思います．

私はこれでプリンとピリミジンを間違えなくなりました（おバカだねぇ）．

お礼

ヌクレオチノドの解析の際には、ＭとかＲとか出てきました。それと混同してわからなくなってしまい、今回質問させていただきました。
ご回答ありがとうございました。

回答No.3

AthlonXP

シークエンサーで読んだのですか？

Nは認識不能ということではないでしょうか？
シークエンスの波形が悪いということです。

ところでblastって何ですか？

お礼

ご回答ありがとうございました。
BLASTは塩基配列から、既知の生物の塩基配列と比較して生物種を特定するもののようです。

回答No.2

gori8063

シークエンサで出された生データ（電気泳動のクロマト図）をご覧になりましたか？

Nになっている塩基の部分がどの塩基か生データで確認できますでしょうか？

恐らくできないでしょう。＃１さんも述べておられますが、「塩基を決定できませんでした」の意味です。
略語の元の言葉がNucleotideのNなのか、NoneのNなのかはわかりませんが。

仮に生データをご覧になっていないで、弾き出されたPCの配列データのみを見ているようでしたら、それは非常に危険ですので必ず生データを見てください。

お礼

はい。生データを直接みました。それと同時に機器によって出された結果をみてです。　ご回答ありがとうございました。