水を構成する非常に多量の分子は、それぞればらばらな量の運動エネルギーを持って運動しています。(ただし、平均は温度で決まっている)
水の分子は互いに引力を持って引き合っており、そのため普通はその束縛から逃れられずそのままでは水の分子は外に飛び出せません。
しかし、水の分子がぶつかり合いエネルギーのやり取りをしていくうちに、ある分子の運動エネルギーが引力の束縛エネルギーを越え分子が外に飛び出します。当然ながら、その分子はほかの分子からエネルギーをもらっているため、他の分子はその分エネルギーを失います。(このエネルギーが蒸発熱です。)
これが頻繁に起こると残った水の中の分子が持つ平均エネルギーが減少していきますが、通常その分は容器の壁面や空気の持つエネルギーで補填されます。(温度勾配に伴う熱の移動)
そのため、水の分子エネルギーの平均はあまり下がらず、残った分子の中から束縛から抜け出すに十分なエネルギーを持ったものが飛び出していきます。
実際には、空中を飛んでいる水の分子が水面に近づくと水中にとらわれてしまいますが、一度抜け出した水の分子はコップから十分離れたところまで逃げてしまうものもあるため、トータルとしては飛び出し分子数がとらわれる分子の数よりも多くなり残った水の量は減少していきます。
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