制限酵素切断地図について

質問

３種類の制限酵素で切断したある未知ＤＮＡを電気泳動させた後、ＤＮＡバンド写真からそのＤＮＡの制限酵素切断地図をどのようにして作ればよいのかわかりません。地図（線）上にどのように切断部位を並べていけばいいのか教えてください。

回答No.2

overthisgraysky · ベストアンサー

僕がやったことがあるのはプラスミドの制限酵素処理だけですが、それでよければアドバイスを。

もし２種類の制限酵素の制限酵素地図が作りたければ３種類の反応が必要です。
例えばAという制限酵素とBという制限酵素だとすると、Aだけ、Bだけではそれぞれ何kbに切断されるかが分かっても、AとBの切断箇所の位置関係が分かりません。
逆にA＋B（同時に切断orバッファを変えて２つ目を切断）だけをやっても意味はないです。
そこで、A、B、A+Bの３種類で切断した結果が必要です。

３種類の酵素の場合は、最低でもA、B、C、A+B、B+Cの５種類の反応の結果が必要だと思います。

で、どのように切断地図を作るかですが、これはパズルみたいなものですね。
制限酵素でそんなにたくさんの断片に切断される場合じゃなければそんなに難しくないと思います。
プラスミドなら、線を丸く書くのを忘れずに。

お礼

ありがとうございます！参考にさせていただきます。

回答No.1

miDumo

私自身専門じゃないのであんまし理解してませんが
以下検索で見つけました。確かにこんなもんだと思います。

・プラスミド（環状）かゲノム（線状）か？
・サイズは何kbか？
・シングルストランドかダブルストランドか？
・メチル化などの修飾率は？

　などいくつかの条件によって処理方法は若干変わりますが、基本的には
　1種類の制限酵素で切断。
　電気泳動でバンドを切り出す（タカラのSUPREC-01などを使用）。
　切り出したバンドを他の制限酵素で処理。
　電気泳動。
といった流れになります。
　電気泳動と制限酵素処理をきちんと行なうことができれば、DNA中に1種類の制限酵素で複数箇所切断される場合と、スター活性に注意すれば比較的楽に調べられると思います

お礼

ありがとうございます！ここまで専門的なものではないのですが、参考にさせてもらいます。