回答が遅くなり、すみません。
>一応税理士の方で消費税の申告のみ行っているのですが大丈夫でしょうか?
そういうことでしたら、前回の回答の(1)と(2)はもう手続き済みですね。
会社では(3)のe-Taxソフトのダウンロードを行ってください。
会社の利用者識別番号と暗証番号を税理士さんに教えてもらってください。
e-Taxソフトを起動します。
(1)メニューボタンの【利用者選択】の「新規作成」をクリックします。
(2)利用者識別番号と利用者名を入力して利用者ファイルを作成します。
それでは、「作成済みの申告書データを参照して、納付情報登録依頼を作成し、電子納税する場合」を説明します。納付情報は自動で入力されます。
(1)メニューボタンの納付情報登録をクリック後、「納付情報登録」アイコンをクリックします。
(2)納付情報登録依頼の作成元となる申告書データを選択します。(たとえば消費税など・・)
(3)参照作成をクリックします。 *ここが、e-Taxで申告している場合としていないときの違いになります。している場合は【参照作成】で、していない場合は前回の回答の【新規作成】になります。
(4)納付情報登録依頼に任意の名前を登録します。(たとえば「平成20年3月期消費税確定申告書」などとします)
(5)登録後OKをクリックしたら、納付情報登録依頼が表示されますので、内容を確認のうえ作成完了ボタンをクリックします。
(6)作成が完了した旨のメッセージが出ますので、OKをクリックします。「納付情報登録依頼」が追加されます。
(7)メニューボタンの「送信ボタン」をクリックし、「送信アイコン」をクリックします。送信する納付情報登録依頼データを選択し、「送信」ボタンをクリックします。
(8)暗証番号を聞いてくるので、入力後OKをクリックします。送信が完了すると即時通知(受信控え)が表示されます。
(9)「OK」をクリックして、メニューボタンの「メッセージボックス」そクリックし、「メッセージボックス」アイコンをクリックします。
(10)送信した手続きを選び、OKをクリックします。
(11)メッセージ(受信結果)の内容を確認します。
次に、インターネットバンキングを利用して納税します。
(1)インターネットバンキングにログイン
(2)インターネットバンキングの画面上の「税金・各種料金払い込み」を選びます。
(3)画面上の必要項目に、e-Taxから取得した納税のための番号を入力します。
(4)画面上に表示された税目、金額等を確認の上納付します(支払いボタンをクリック)。以上で電子納税は完了です。
最後に納付完了の確認をします。
納付手続きが完了すると、e-Taxソフトのメッセージボックスのメッセージ(受信通知)の内容が納付完了のメッセージに変更されますので確認してください。
納付が完了した「納付完了情報登録依頼」をを選択し「詳細表示」ボタンをクリックします。
表示された内容を確認して「OK」をクリックします。通知が表示されます。(印刷or保存しておくとよいでしょう)
画面を見ながらだとイメージしやすいのですが、これでわかりますか?うまく説明できず、すみません。
確約はできませんが、こういったマニュアル的なものをくださいとお願いすれば、税務署でもらえるのではないでしょうか?一度税務署にお尋ねになってみてはいかがでしょう。
また、税理士さんに依頼されているのであれば、e-Taxの操作方法についても税理士さんに聞かれてみてはどうでしょう?ご存知のはずですよ。
補足
補足します。 ヘルプデスクに聞いたところ、所得税、消費税、印紙税のみの 納付の場合、電子証明書はいらないといっていました。 e-taxのソフトをインストールすればよいと・・ 本当ですか?