質問でお使いの用語が不明瞭なので、仮定した上で書いてみます。
「業者への預け入れ金」⇒信用取引等の差入保証金のことでしょうか。そうだとすればこれはあくまで預けただけで、取引に使われるものでもなく、敷金などと同じで将来的に返還されるのが原則のお金ですから経費ではありません。
「投資等のという区分」⇒資産の内訳としての「投資等」のことでしょうか。そうだとすると、これは「経費」ではなく「資産」です。経費科目の中に「投資等」というのはありませんから、「ということは、業者にお金を預けた時点で経費となり、」というロジックをどこからひねり出したのか理解できません。
あなたのロジックからすると、預金として銀行にお金を預けると経費になり、銀行からお金を引き出すと収入になると思っているようですが、そうではなく、預金なら利息のみが収入となり、預けたお金は経費でも何でもありません。簿記会計を少しでもかじっていればすぐわかることなんですが。
株等の信用取引では経費になるのは証券会社等への支払手数料であり、収入になるのは株等を売却した金額で、売却した株を買い入れた時の金額が原価と呼ばれる種類の必要経費となります。なお、信用取引の場合には、収入と原価をそれぞれ建てることをせず、「売買差益」を収益とし、売買差損を「損失」とするのが一般的でしょう。どちらの計上方法でも結果としての所得税は同じになります。
そもそも、会計ソフトというものは事業所得を計算するためのツールです。証券投資を事業として行っているのでない限り、出番はないでしょうし、仮に事業として行っていたとしても、汎用ソフトではなく証券投資に特化したものでなければ管理が難しいと思います。
