マイクロアレイ法と質量分析法はどちらがよい？

質問

遺伝子解析に使われる方法としてマイクロアレイ法と質量分析法は現在どちらの方が優れているんでしょうか？
詳しい方教えてください。

回答No.6

teru-arai · ベストアンサー

teru-araiです。

＞マイクロアレイとプロテオミクスを組み合わせることでより精度の高いデータを得ることはできるでしょうか？

　マイクロアレイはRNA、プロテオミクスはタンパク質のプロファイリングができます。二つの方向から現象を眺
めることで、精度が上がることはあると思います。
　たいてい、タンパク質が増えていればmRNAも増えています。そう言う遺伝子は片方だけでも捕まえられます。
しかし、例えば、タンパク質にならないRNAが変化していても、タンパク質を調べるだけでは何もでてきません。
あるいは、変化が遺伝子発現の変化でなくタンパク質の修飾等の場合はいくらRNAを調べても何も出ません。
　そういうわけで、二つやると良いことがあるのでしょうが、二つやってる人はあまり見ないですね。二つやって
る方、一人は知ってるけど。

お礼

大変参考になりました。

あまりやっている方がいないのはまだ比較方法は確立されていないからでしょうか？？
これからも勉強続けてみます。
またなにかあればよろしくお願いします(m;_ _)m

ありがとうございました。

回答No.5

otx

No4さんの書き込みはちょっと意味不明です。
でたらめすぎですよ。

回答No.4

A-Tanaka

こんにちは。

No.1の続きです。
No.2さんやNo.3さんは、分析の専門家であるから、それ相応の分析方法について、技術を研鑽されている方であると思います。

さて、ウィルス分析においては、質量分析法でないと難しいのは、ウィルスにもDNA型やRNA型があるのです。これは、例えばインフルエンザ・ウィルスやエボラ出血熱ウィルスは、DNA型であるし、見たことは無いと思いますが・・タバコ・モザイクウィルスはRNA型です。

このようなウィルスを分析するに辺り、その遺伝子の変異や細胞内での活動を調査するためには、PCR法などで調査しています。これは、No.2さんが示してくれた方法です。質量分析法の場合には、新型のウィルスが発生した時など、正確かつ定量的に分析できるためだからと言えるのです。

ついでに、PCR法などの方法でウィルス分析を行うためには、P-2とかP-4とかの隔離施設が必要なのですが・・・まだ、日本では、様々な事情から・・・P-2隔離施設の運用にとどまっています。そんな訳で、質量分析法が多用されているのです。

お礼

ありがとうございました。

勉強してみます。

回答No.3

xen1234

一体、質問者様は何をしたいのでしょうか？

No2さんがおっしゃるようにそもそも２つの実験法は目的が異なります。何がしたいのか分かればアドバイスのしようもあるのですが・・・。

お礼

マイクロアレイとプロテオミクスについて勉強していました。

最終的にはデータの比較をしたいのですが、
この分野は１年であっという間に進歩するということを聞き本を読んでいてもいまいちぱっとせず、現状の研究状況はどうなっているのかなー、と疑問に思い質問しました。

自分でも目的がはっきりしていなくて曖昧な質問になってしまいました・・・
申し訳ないです。

回答No.2

teru-arai

質問者さんが、どの程度生化学の知識が有る方か解りませんが、大学生程度の知識はあるものとして
以下書きます。解りにくかったら言ってください。
No1さんがむちゃくちゃを書かれてますが、マイクロアレイと遺伝子解析のための質量分析はそもそも
使う目的が違います。各々短所長所は有りますが、優劣は考えたことはないです。

マイクロアレイはいろいろな遺伝子から作られるRNAの相対量を同時に定量する装置です。多ければ
一度に１万種類以上の遺伝子から転写されるのRNA量の解析ができます。遺伝子発現のプロファイリ
ングが得意分野です。

遺伝子解析のための質量分析というのはたぶん、ノーベル賞をもらった島津の田中耕一氏が開発に関
わった質量分析装置（略称はMALDI-TOF MS）のことを言っていると思いますが、そうですね？　　この
装置はタンパク質のアミノ酸配列を調べるのに使います。今までのタンパク質のアミノ酸配列解析装
置はエドマン分解を用いていましたが、それに比べるとはるかに、MALDI-TOF MSは感度が良く微量
のタンパク質で分析できるようになりました。タンパク質のアミノ酸配列の決定が得意分野です。

優劣はご自分で判断してください。

お礼

ありがとうございます。

もし優劣を計るものでないとしたら、
マイクロアレイデータと質量分析のデータを比較して組み合わせることでより精度の高いデータを得ることができるかな、と思ったんですが見当違いでしょうか？

同じ実験で両方を使って解析するということはしないのでしょうか？？

補足

＞遺伝子解析のための質量分析というのはたぶん、ノーベル賞をもらった島津の田中耕一氏が開発に関わった質量分析装置（略称はMALDI-TOF MS）のことを言っていると思いますが、そうですね？

そうです。
調べたらプロテオミクスといったほうが良かったようです、すみません。
質量分析が発達したおかげでプロテオーム研究が行われるようになったんですね。なんだかぐちゃぐちゃになっていました・・・

マイクロアレイとプロテオミクスを組み合わせることでより精度の高いデータを得ることはできるでしょうか？

何度も申し訳ありません・・・。

回答No.1

A-Tanaka

こんにちは。

質量分析法は、対象となる遺伝子をイオン化する必要があるため、結晶構造などにして解析する際に用いられる手法であり、古典的な手法です。そのため、現在ではウィルスの遺伝子解析などに限られています。

マイクロアレイ法は、PCR法などと同様に蛍光分析法によって解析が行えるため、直接的に遺伝子からタンパク質への解析ができるという点でしょう。

つまり、遺伝子をものとして解析するのであれば質量分析法の方が優れていると言えますし、遺伝子からタンパク質を作り出すという細胞生物学的な解析にはマイクロアレイ法の方が優れていると言えます。

参考URL)
質量分析法：http://cent-scorpio.asahikawa-med.ac.jp/akutsu/mass/mass_howto/
マイクロアレイ法：http://red.dna.affrc.go.jp/RMOS/background.html

では。

お礼

ありがとうございました。

ウイルスの遺伝子解析でマイクロアレイ法は使われないのでしょうか？？